| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,597,517 | T→G | 43.3% | L81* (TTA→TGA) | lsrC → | autoinducer 2 import system permease protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,597,517 | 0 | T | G | 43.3% | 7.6 / inf | 231 | L81* (TTA→TGA) | lsrC | autoinducer 2 import system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (67/64); new base G (47/53); total (114/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGG > CP009273/1597370‑1597664 | aaGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTGACt < 1:362004/150‑1 (MQ=255) aaGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTGACt < 2:754434/150‑1 (MQ=255) gtgtGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGa > 2:4283551/1‑150 (MQ=255) 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aaCGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTGACTGAACGCAgg < 1:3081693/150‑1 (MQ=255) aCGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTGACTGAACGCAGGa > 1:965515/1‑150 (MQ=255) cGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACTCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTGACTGAACGCAGGat > 2:1079666/1‑150 (MQ=255) cTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGatat > 1:1477874/1‑150 (MQ=255) tGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATAtt > 1:1401429/1‑150 (MQ=255) tGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTGACTGAACGCAGGATAtt < 1:4107901/150‑1 (MQ=255) gACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTc > 1:3283873/1‑150 (MQ=255) gACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTc < 1:1085441/150‑1 (MQ=255) aCCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGAGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGTAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATTTGACTGAACGCAGGATATTCa > 2:3450153/1‑150 (MQ=255) ccATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCAc < 1:2123711/150‑1 (MQ=255) ccATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCAc > 1:2479289/1‑150 (MQ=255) tGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTGACTGAACGCAGGATATTCACTAc > 1:1232650/1‑150 (MQ=255) tttATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTGACTGAACGCAGGATATTCACTACCTg > 1:1141724/1‑150 (MQ=255) tataGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTGACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGtt < 1:1523697/150‑1 (MQ=255) agcagcGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGcg > 1:897004/1‑149 (MQ=255) 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aTTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCAttgtt > 2:4233151/1‑150 (MQ=255) aTTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTGACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCAttgtt < 2:1489504/150‑1 (MQ=255) aCCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGcc > 2:4335434/1‑150 (MQ=255) aCCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGcc > 2:3416949/1‑150 (MQ=255) ccGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCa > 1:3205047/1‑150 (MQ=255) ccGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTGACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCa < 1:756227/150‑1 (MQ=255) cGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCAc > 1:2631600/1‑150 (MQ=255) ggAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCAcc > 2:2778539/1‑150 (MQ=255) ggAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCAcc > 2:2327667/1‑150 (MQ=255) aTGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCtt > 2:657976/1‑150 (MQ=255) aTGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTGACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCtt < 1:901210/150‑1 (MQ=255) gtgCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTgg < 2:391185/150‑1 (MQ=255) gcgcGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTANAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCa < 1:4283536/150‑1 (MQ=255) gcgcGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCa < 2:1070620/150‑1 (MQ=255) cgGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGt < 2:1665212/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGtt > 2:3830278/1‑150 (MQ=255) ggTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGtt < 1:2729401/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGtt < 1:3825199/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGTTGGGGATGTGACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGtt < 2:3551853/150‑1 (MQ=255) tGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGt < 2:2612232/150‑1 (MQ=255) tGTTGGGGATGTGACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGt < 2:39379/150‑1 (MQ=255) tGTTGGGGATGTGACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGt < 2:3539749/150‑1 (MQ=255) gTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGtt < 1:2932105/150‑1 (MQ=255) ggggATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTa < 2:2273844/150‑1 (MQ=255) ggggATGTGACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTa > 1:3318681/1‑150 (MQ=255) gggATGTGACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTAc > 2:4486892/1‑150 (MQ=255) gTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAgg > 1:2524221/1‑150 (MQ=255) | TAAGTGTGCAAACGCTGACCATGGTTTATAGCAGCGCGCAAATCCTGATCCTGCTGGCAATGGGCGCGACGCTGGTAATGCTTACGCGCAATATTGATGTTTCAGTGGGTTCGATTACCGGAATGTGCGCGGTGCTGTTGGGGATGTTACTGAACGCAGGATATTCACTACCTGTTGCTTGTGTCGCGACTTTACTGCTTGGTTTGCTCGCGGGATTTTTCAACGGTGTCCTGGTCGCGTGGCTAAAGATCCCTGCCATTGTTGCCACCCTTGGCACGTTAGGGTTGTACAGAGG > CP009273/1597370‑1597664 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |