| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,621,470 | G→A | 13.8% | N56N (AAC→AAT) | dcp ← | dipeptidyl carboxypeptidase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,621,470 | 0 | G | A | 13.8% | 841.6 / 95.0 | 283 | N56N (AAC→AAT) | dcp | dipeptidyl carboxypeptidase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (135/109); new base A (22/17); total (157/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
ATATCATTAGCCAGTTCCGCCAGTTCAGCGGAAAACTGCTCGTCAAGACGCTGTAATTCATCATTGGTATGCGCCGCAGTCATCGC‑AAAAAAGACGCTGGTAACGCGGGTAAGTAATTCTCCGCTTTGTTCCAGTGCCAGAATAGTATTGTTGAAATCAGGCATTTGCGGGTTAAGCGCGATGGCAGCAATTTCTGCCCGCTTTTGCTGCATTCCCTCATCGAATGCCGGGCGATAGTGATGATTGGCAATTTGATCAAAATGGGGAGCCAGATACGGCAGTGTGCTTTGCACAAGGAA > CP009273/1621321‑1621619 | atCATTAGCCAGTTCCGCCAGTTCAGCGGAAAACTGCTCGTCAAGACGCTGTAATTCATCATTGGTATGCGCCGCAGTCATCGC‑AAAAAAGACGCTGGTAACGCGGGTAAGTAATTCTCCGCTTTGTTCCAGTGCCAGAATAGTAttgtt < 1:2007308/150‑1 (MQ=255) atCATTAGCCAGGTCCGCCAGTTCAGCGGAAAACTGCTCGTCAAGACGCTGTAATTCATCATTGGTATGCGCCGCAGTCATCGC‑AAAAAAGACGCTGGTAACGCGGGTAAGTAATTCTCCGCTTTGTTCCAGTGCCAGAATAGTattatt < 2:3776850/150‑1 (MQ=255) cATTAGCCAGTTCCGCCAGTTCAGCGGAAAACTGCTCGTCAAGACGCTGTAATTCATCATTGGTATGCGCCGCAGTCATCGC‑AAAAAAGACGCTGGTCACGCGGGTAAGTAATTCTCCGCTTTGTTCCAGTGCCAGAATAGTATTGTTGa > 2:3105054/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |