Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,706,450 | 0 | C | T | 14.1% | 791.4 / 93.3 | 270 | intergenic (+35/‑576) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (118/114); new base T (16/22); total (134/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.20e-01 |
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
CTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGCCCCGCTGTGGCTCTTGTATTATTGAAGATCTTTGTGAATACAAAGAGAAAGTTGACATCTGAAGAAAAGGGGTAACACCGATTACCCCATTGATAACCTTTCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATC > CP009273/1706301‑1706599 | cTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGCCCCGCTGTGGCTCTTGTATTATTGAAGATCTTTGTGAATACAAAGAGAAAGTTGACATCTGAAGAAAAGGGGTAACACCGATTACCCCATTGATAAc < 2:4571817/150‑1 (MQ=255) cTGCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGCCCCGCTGTGGCTCTTGTATTATTGAAGATCTTTGTGAATACAAAGAGAAAGTTGACATCTGAAGAAAAGGGGTAACACCGATTACCCCATTGATAAc > 1:1317098/1‑150 (MQ=255) gCCACCATTGGTTGATCCTGCACGGGCGTTATACCTGCATTGCCCGCAAGCCCCGCTGTGGCTCTTGTATTATTGAAGATCTTTGTGAATACAAAGAGAAAGTTGACATCTGAAGAAAAGGGGTAACACCGATTACCCCATTGATAACct > 2:4236201/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |