| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,718,636 | G→T | 45.3% | L93I (CTT→ATT) | sodC ← | superoxide dismutase, Cu, Zn, periplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 1,718,636 | 0 | G | T | 45.3% | 229.1 / inf | 272 | L93I (CTT→ATT) | sodC | superoxide dismutase, Cu, Zn, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/89); new base T (47/76); total (107/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
TTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAA > CP009273/1718487‑1718785 | tttGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAg > 2:4367482/1‑150 (MQ=255) gTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAAATg > 1:4331784/1‑150 (MQ=255) cTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAATATGcc < 1:2502457/150‑1 (MQ=255) 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cTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAATATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGtggctggctggc < 2:516898/150‑1 (MQ=255) tttGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCa < 1:3780247/150‑1 (MQ=255) gCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCt < 2:1398043/150‑1 (MQ=255) gCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCt < 1:4037918/150‑1 (MQ=255) ccGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCtt < 1:777342/150‑1 (MQ=255) 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aTTTTGTGGATCAATATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCttt > 1:4312728/1‑150 (MQ=255) tttGTGGATCAATATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCAAGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTAt > 2:3905858/1‑150 (MQ=255) tttGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTAt < 2:1064819/150‑1 (MQ=255) ttGTGGATCAATATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATc < 1:447929/150‑1 (MQ=255) gtgGATCAATATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCgg < 2:3360203/150‑1 (MQ=255) 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gATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTaa > 1:1502618/1‑150 (MQ=255) gATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTaa > 2:133417/1‑150 (MQ=255) | TTTGTCTTTGATTTCATCCAGTGATTTCAGACGAGGCGCGATGACGGCATCGGTAGCTTTGCCGTCATTATTGACGACCAGTGCAGGCAGATCGCCTAAATGCCCGGCACCTTCTGGCCCTTCATGTTTACCGGTATTTTGTGGATCAAGATGCCCGCCTGCGGATTCCGCGGCGCTGGCTTTGCCATCTTTGGTGGCTGGCTGGCAGCTTCCTTTGGCATGAATATGGAAGCCATGTTCACCGGGGGGTAATGCTTTCAGATCGGGCGAAAACTCCAGACCTTTATCGGTTTCAGTAA > CP009273/1718487‑1718785 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |