| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,738,129 | C→A | 5.2% | P139Q (CCG→CAG) | mdtK → | multidrug efflux system transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,738,129 | 0 | C | A | 5.2% | 920.7 / 17.0 | 238 | P139Q (CCG→CAG) | mdtK | multidrug efflux system transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (116/109); new base A (9/4); total (125/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
ACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATCTGCGTGCGTTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTGCCCGTAACCAGTGTGAAGGTCTGGCAAAAACCAAGCCGGGTATGGTAATGGGCTTTATCGGCCTGCTGGTGAACATCCCGGTGAACTATATCTTTATTTATGGTCATTTCGGTATGCCTGAGCTCG > CP009273/1737980‑1738278 | aCAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATCTGCGTGCGTTGTTGTGGGGCGCGcc < 2:2790021/150‑1 (MQ=255) aaGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATCTGCGTGCGTTGTTGTGGGGCGCGCCgg > 2:3078680/1‑150 (MQ=255) aGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATCTGCGTGCGTTGTTGTGGGGCGCGCCggg > 2:2526154/1‑150 (MQ=255) 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ttGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATCTGCGTGCGTTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTg < 2:3577514/150‑1 (MQ=255) ttGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATCTGCGTGCGTTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTg < 1:20317/150‑1 (MQ=255) ttGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATCTGCGTGCGTTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTg < 1:20294/150‑1 (MQ=255) ttGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATCTGCGTGCGTTGTTGTGGGGCGCGCCGGGATATCTGTTCTTCCAGGTTg < 2:495219/150‑1 (MQ=255) gtgtCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCTTGGTAATCATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCAGTGGGTTATCTGCGTGCGTTGTTGTGGGGCGAGCCGGGATATCTGTTCTTCCTGGTTGcc < 2:1543258/147‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |