Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,755,736 | C→A | 12.6% | G105* (GGA→TGA) | sufD ← | component of SufBCD Fe‑S cluster assembly scaffold |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,755,736 | 0 | C | A | 12.6% | 907.3 / 71.1 | 261 | G105* (GGA→TGA) | sufD | component of SufBCD Fe‑S cluster assembly scaffold |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (124/104); new base A (18/15); total (142/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
TAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCTGCCTTCAGTTGCATCGCTCAGTGCGGGCACGTAACGCCCATCGACAAACACCAGCCGCACGGAGTCTAACGTTAACGCTAAGGCATCACGCTGCTGTGGGGATATCTCTCCCGCAATGCTGACAAACTGGCTATTGATCAGCCCTT > CP009273/1755587‑1755885 | tAACAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATcc < 2:3777651/150‑1 (MQ=255) aaCAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCg > 2:2788137/1‑150 (MQ=255) cAGCAATGGCTTTGCCGGCCGTTGACCGCGCTTCACGGCGATATGCGTCACGCTTTGTGCCAGGCTTTCCGTCAAATGCAGAAACACTTCCGCCTGAATAGCGTCGGGTAAACCCTGACGGTCGTCGTTAATGCTCACTTCATATCCGCt < 1:1246895/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |