| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,774,858 | C→T | 45.0% | Y67Y (TAC→TAT) | ydiR → | putative electron transfer flavoprotein, FAD‑binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,774,858 | 0 | C | T | 45.0% | 140.2 / inf | 280 | Y67Y (TAC→TAT) | ydiR | putative electron transfer flavoprotein, FAD‑binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (76/78); new base T (63/63); total (139/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
GCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGTTGGCCGCGACGAAACGTGGTAAAGCGCTGGCAGCACGGTTAAGTGTGCAACTGAATGCGGCGCTGGTGAACGATGCCACGGCGGTGGATATTGTCGA > CP009273/1774709‑1775007 | cTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACg > 2:2661222/1‑150 (MQ=255) tGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGc < 2:555800/150‑1 (MQ=255) gAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGcc < 2:1142411/150‑1 (MQ=255) gAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGcc < 1:1814050/150‑1 (MQ=255) cTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGaa > 2:3964406/1‑150 (MQ=255) tGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGaaa > 1:2619113/1‑150 (MQ=255) tttGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGc > 1:1518291/1‑150 (MQ=255) tttGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGc < 1:3222434/150‑1 (MQ=255) cggcgCTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATtgc > 2:2194312/1‑150 (MQ=255) gcgcTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATtgctg < 1:498187/150‑1 (MQ=255) cTCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGccc < 1:2518059/150‑1 (MQ=255) tCAGCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCct < 1:1312943/150‑1 (MQ=255) gCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCctgct < 1:4038731/150‑1 (MQ=255) gCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCctgct < 1:684366/150‑1 (MQ=255) gCAATGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTGATGCCTAATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATAATGCCGAAAGCATTTCTGCActgct > 1:3986820/1‑150 (MQ=255) tGGGGCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGaaa > 2:3598753/1‑150 (MQ=255) ggggCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAg > 2:1467651/1‑150 (MQ=255) ggggCCAACAGGTGTATGCCATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAg > 2:3628137/1‑150 (MQ=255) 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cATTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGtt < 1:4348454/150‑1 (MQ=255) aTTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTg > 1:319086/1‑150 (MQ=255) aTTGTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTg > 1:1161506/1‑150 (MQ=255) gTACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTCTGGTCCAAAAGGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTATGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTg < 2:1752425/150‑1 (MQ=255) tACAAAATACCGACCAGGCGCAGGCAGTTATGCCTTATGGTCCAAAATGTCTTTATGTTCTTGCGCAAAACGACGCGCTGCAACGCACTGAAAATTACGCCGAAAGCATTGCTGCCCTGCTGAAAGATAAACACCCCGCTATGTTGCTGt > 1:966368/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |