| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 146,343 | G→T | 55.5% | T366T (ACC→ACA) | yadC ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 146,343 | 0 | G | T | 55.5% | 12.3 / inf | 302 | T366T (ACC→ACA) | yadC | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/70); new base T (100/68); total (164/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-02 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
CTACGTTATCAGGGATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATGAGTACGCCAACGCCTTTGGCGGCAGTGCTTCCAGTAAGCGTATTACCAAGCA > CP009273/146194‑146491 | cGTTATCAGGGATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGgtg < 1:1175208/150‑1 (MQ=255) gTTATCAGGGATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGgtgt > 1:91674/1‑150 (MQ=255) tATCAGGGATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCa < 1:2191920/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |