| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,996,506 | G→T | 8.8% | T194T (ACC→ACA) | fliC ← | flagellar filament structural protein (flagellin) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,996,506 | 0 | G | T | 8.8% | 813.1 / 36.6 | 216 | T194T (ACC→ACA) | fliC | flagellar filament structural protein (flagellin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (87/110); new base T (13/6); total (100/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.41e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
TCCCATCGTTATCACCACCGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTATCGTTATTTTTAACGCTAAAACCATCAAGGCCAAGAGTTTTAGCATCAATCTGCTTCAGATCGATAGTGATAGTCTGGTTATCATTTGCGCCAACCTGGATTTT > CP009273/1996358‑1996655 | tCCCATCGTTATCACCACCGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCACTTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTgtgg < 2:1621422/150‑1 (MQ=255)tCCCATCGTTATCACCACCGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTgtgg < 1:952469/150‑1 (MQ=255) tCGTTATCACCACCGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTa < 1:4130172/150‑1 (MQ=255) tCGTTATCACCACCGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTa < 1:3158485/150‑1 (MQ=255) cGTTATCACCACCGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCCCTTGAAGCTGGGTTAGGTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAg < 2:3109656/150‑1 (MQ=255) gTTATCACCACCGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGc < 1:4184288/150‑1 (MQ=255) gTTATCACCACCGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGc < 1:3440690/150‑1 (MQ=255) ttATCACCACCGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTTGTGGTAGCa < 2:4466531/150‑1 (MQ=255) tATCACCACCGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCAc < 1:3342438/150‑1 (MQ=255) aTCACCACCGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCAcc > 1:1932303/1‑150 (MQ=255) accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCaaa < 1:803287/150‑1 (MQ=255) accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCaaa < 1:2026060/150‑1 (MQ=255) accaccGGTGATTTTCGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCaaa < 1:3656427/150‑1 (MQ=255) 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cGCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTTGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGc > 2:3653500/1‑150 (MQ=255) gCATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCa > 1:2576493/1‑150 (MQ=255) cATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCAc > 2:4132361/1‑150 (MQ=255) cATAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCAc > 2:1805068/1‑150 (MQ=255) aTAGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACt < 2:4020062/150‑1 (MQ=255) aGTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAg > 1:2443960/1‑150 (MQ=255) gTAATCATTACCATTATCAGTATACACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGt < 2:1517413/150‑1 (MQ=255) gTAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGt < 1:859481/150‑1 (MQ=255) tAATCATTACCATTCTCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTg < 2:2202142/150‑1 (MQ=255) tAATCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTg < 2:1094635/150‑1 (MQ=255) aaTCATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTgg > 1:1730918/1‑150 (MQ=255) cATTACCATTATCAGTATAAACACCCTCACTTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTaa < 2:3186726/150‑1 (MQ=255) ttACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTTGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACt > 2:2916295/1‑150 (MQ=255) ttACCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACt < 1:1138232/150‑1 (MQ=255) aCCATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGt < 1:852209/150‑1 (MQ=255) ccATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTa > 1:1539034/1‑150 (MQ=255) cATTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTAt > 2:3806594/1‑150 (MQ=255) aTTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTATc < 2:4221593/150‑1 (MQ=255) aTTATCAGTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTATc < 2:2711344/150‑1 (MQ=255) gTATAAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTATCGTTAttt < 1:3681602/150‑1 (MQ=255) tataAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTATCGTTAtttt > 1:4256585/1‑150 (MQ=255) taAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTATCGTTATTTTTa > 2:2350399/1‑150 (MQ=255) taAACACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTATCGTTATTTTTa > 2:2349703/1‑150 (MQ=255) aaaCACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTATCGTTATTTTTaa > 2:1325013/1‑150 (MQ=255) aaaCACCCTCAATTGAAGCTGGGTTAGTTCCGCCAGTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTATCGTTATTTTTaa > 2:2633635/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |