| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,000,765 | G→T | 7.7% | D377Y (GAT→TAT) | amyA → | cytoplasmic alpha‑amylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,000,765 | 0 | G | T | 7.7% | 1030.0 / 37.1 | 273 | D377Y (GAT→TAT) | amyA | cytoplasmic alpha‑amylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (111/140); new base T (9/13); total (120/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
CGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGCCGCAGTGG > CP009273/2000617‑2000913 | gTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGAt < 1:1026857/150‑1 (MQ=255) gTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGAt > 2:3243304/1‑150 (MQ=255) ttGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATg < 1:1385946/150‑1 (MQ=255) 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ttCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTAtt > 2:4297364/1‑150 (MQ=255) ttCGGTATTCTATCCGGACATCTACTGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAAACTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCTTCATCGTTTCGCCAACGTTGTACAGACGTTAtt < 2:4068413/150‑1 (MQ=255) tCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTAttt < 2:2237138/150‑1 (MQ=255) gTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTc > 2:3612275/1‑150 (MQ=255) tcgaTCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGAcc < 2:2438999/147‑1 (MQ=255) cTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCa < 1:2632079/150‑1 (MQ=255) tATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCAt > 2:2638815/1‑150 (MQ=255) cGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGa < 2:4409409/150‑1 (MQ=255) ggACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGaa > 2:274598/1‑150 (MQ=255) gACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAAc < 1:4057853/150‑1 (MQ=255) aCCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACt > 2:3120829/1‑150 (MQ=255) aCCTCTACGGTGCGCATTACGAATATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACt < 1:4216069/150‑1 (MQ=255) aCCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACt < 1:3942867/150‑1 (MQ=255) ctctACGGTGCGTATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGc > 1:2126988/1‑150 (MQ=255) ctcaACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGc > 1:4366667/1‑150 (MQ=255) ctACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCAt > 1:3413214/1‑150 (MQ=255) tACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCAtt > 2:3512360/1‑150 (MQ=255) tACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCAtt < 1:4462522/150‑1 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGcc > 1:849601/1‑150 (MQ=255) ggTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGcc > 1:2793895/1‑150 (MQ=255) gAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGCCGCAGt > 2:2772411/1‑150 (MQ=255) aaGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGCCGCAGTg < 1:516405/150‑1 (MQ=255) | CGTTGCCAATCACGACACCCAACCGTTGCAAGCCCTCGAAGCGCCGGTCGAACCGTGGTTTAAACCGCTGGCGTATGCCTTAATTTTGTTGCGGGAAAATGGCGTTCCTTCGGTATTCTATCCGGACCTCTACGGTGCGCATTACGAAGATGTCGGTGGTGACGGGCAAACCTATCCGATAGATATGCCAATAATCGAACAGCTTGATGAGTTAATTCTCGCCCGTCAGCGTTTCGCCCACGGTGTACAGACGTTATTTTTCGACCATCCGAACTGCATTGCCTTTAGCCGCAGTGG > CP009273/2000617‑2000913 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |