Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,114,414 | C→A | 13.5% | V208F (GTC→TTC) | wcaJ ← | colanic biosynthesis UDP‑glucose lipid carrier transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,114,414 | 0 | C | A | 13.5% | 830.5 / 67.6 | 248 | V208F (GTC→TTC) | wcaJ | colanic biosynthesis UDP‑glucose lipid carrier transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (111/102); new base A (13/22); total (124/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCA > CP009273/2114265‑2114563 | cGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGAc > 1:4223677/1‑150 (MQ=255) tACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGtt < 1:1839336/150‑1 (MQ=255) cGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTAt < 2:2102907/150‑1 (MQ=255) 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aaTGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGAAGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCt < 2:2548614/150‑1 (MQ=255) aaTGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGAAGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCt < 2:2675302/150‑1 (MQ=255) tGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCg > 1:3549332/1‑150 (MQ=255) ggAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACTGGTGGTGTCCGCCATTTGTTGGTCCTGTTTTTTCAGTCGCGCGCCGTCGCACTTTTGCATCGCGATATTGTCGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGAGTCCTCgt < 2:341191/150‑2 (MQ=255) gaATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCa < 1:987912/150‑1 (MQ=255) aTGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGc < 1:3870540/150‑1 (MQ=255) gTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGAAGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTg < 2:4538340/150‑1 (MQ=255) gTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGAAGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTg > 1:3436682/1‑150 (MQ=255) gAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTg < 1:2401527/150‑1 (MQ=255) gAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGAAGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTg < 2:4040320/150‑1 (MQ=255) 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gACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTAcc > 1:1562688/1‑150 (MQ=255) cGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGAAGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCg < 2:2945060/150‑1 (MQ=255) gTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGc > 1:292741/1‑150 (MQ=255) tCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGcc > 1:4263045/1‑150 (MQ=255) cGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGccc > 1:4249871/1‑150 (MQ=255) 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agcagcACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTa < 2:528207/150‑1 (MQ=255) agcagcACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTa > 1:3991/1‑150 (MQ=255) gcagcaCCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAg < 1:2535728/150‑1 (MQ=255) gcagcaCCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAg < 1:2013618/150‑1 (MQ=255) gcagcaCCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAg < 1:3899413/150‑1 (MQ=255) 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caTTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGtt > 1:4550199/1‑150 (MQ=255) ttGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACg < 1:2356603/150‑1 (MQ=255) ttGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACg < 1:45450/150‑1 (MQ=255) tGCATCGCGATATAGACGATATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACAACAAACCCAAACCACGGCTGGTTACgg > 2:4113538/1‑150 (MQ=255) gCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGa > 2:1281478/1‑150 (MQ=255) aTCGCGATATAGAAGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAg < 2:264411/150‑1 (MQ=255) cgggATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGct > 2:2751286/4‑150 (MQ=255) cgATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGctct < 2:3540715/150‑1 (MQ=255) gATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCtctc < 1:1922079/150‑1 (MQ=255) gATATAGAAGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCtctc < 2:3211920/150‑1 (MQ=255) taGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATc > 2:440422/1‑150 (MQ=255) cGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCa < 1:1043137/150‑1 (MQ=255) | CGGTACGCCGTTCATCTCTTCGAGGCGTGAATGGAGAATGTTGAAGGTAAAGACGTCGGGGATCAGCAGCACCGAACAGGTGGTGTCCGCCAGTTGATGGACCAGTTTTTTCACTCGCGCGCCGTCGCACATTTGCATCGCGATATAGACGTTATGAATCTTGCCCGCTTTCGCGTCCTCGACCAGCTGTTGCAGGTTACCCGCCCAGTCGTTAGAAACGCCGCCCGGTTTCGGGTCGTGGTAAACGCCCACCACTTCAAACCCTAACCACGGCTGGTTACGGAAGCTCTCCATCAGCA > CP009273/2114265‑2114563 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |