| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,122,266 | G→T | 5.1% | S35* (TCG→TAG) | wcaF ← | putative acyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 2,122,266 | 0 | G | T | 5.1% | 1063.1 / 22.1 | 275 | S35* (TCG→TAG) | wcaF | putative acyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (123/138); new base T (7/7); total (130/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
GACGTCATCGCCGACCCACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTT > CP009273/2122118‑2122415 | gacgacATCGCCGACCCACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGa < 2:3299926/150‑1 (MQ=255)gACGTCATCGCCGACCCACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGa < 2:2330924/150‑1 (MQ=255)gACGTCATCGCCGACCCACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGAGAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGa > 1:3367385/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |