| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,130,777 | T→A | 8.2% | intergenic (‑53/‑606) | wza ← / → yegH | colanic acid export protein; outer membrane auxillary lipoprotein/inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,130,777 | 0 | T | A | 8.2% | 823.2 / 50.4 | 255 | intergenic (‑53/‑606) | wza/yegH | colanic acid export protein; outer membrane auxillary lipoprotein/inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (121/113); new base A (19/2); total (140/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
CCATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCTGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGGTCTTTCAGGCATCCAGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTA > CP009273/2130628‑2130926 | ccATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTTACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCTGTGCACTATTAATAGCAAt < 2:3023336/150‑1 (MQ=255)ccATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCTGTGCACTATTAATAGCAAt > 2:129473/1‑150 (MQ=255) aTCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCTGTGCACTATTAATAGCAAAGt > 1:2057252/1‑150 (MQ=255) 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tGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGGTCTTTCAGGCATCCAGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTa < 2:2495171/150‑1 (MQ=255) tGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGGTCTTTCAGGCATCCAGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTa < 2:2448060/150‑1 (MQ=255) | CCATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCTGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGGTCTTTCAGGCATCCAGACACGCTACCGCCCCTGGCTTTTTA > CP009273/2130628‑2130926 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |