| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,178,987 | C→A | 14.1% | intergenic (‑207/+16) | thiM ← / ← rcnR | hydoxyethylthiazole kinase/transcriptional repressor of rcnA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,178,987 | 0 | C | A | 14.1% | 828.4 / 68.3 | 270 | intergenic (‑207/+16) | thiM/rcnR | hydoxyethylthiazole kinase/transcriptional repressor of rcnA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (102/126); new base A (28/14); total (130/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
GCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCAGACCGTTTACCGCGC > CP009273/2178839‑2179136 | gCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACa < 1:4094298/150‑1 (MQ=255)gCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACa < 1:2001418/150‑1 (MQ=255) cTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTTCGATGATAAAAAGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCCCCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTaaaa > 2:1797764/1‑150 (MQ=255) ggCATTATCCAGATCCGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGTGGATGGTAATGTCCATCGCACGCGTTGAAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATc < 2:2929225/150‑1 (MQ=255) ggCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGGAAAACGGCAGTTTTACAATc > 2:3832924/1‑150 (MQ=255) gCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCGAAGATAAAACGCAGAGGAGGGTGGGAATTTCCCGCCCACCCCGTGTAAACCAGGAAAAACGGCAGGTTTTCAAAcg > 1:3122261/1‑150 (MQ=255) ttATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGt < 2:3383132/150‑1 (MQ=255) tCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTTCGATGATAAATAGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTtaa > 2:3607572/1‑150 (MQ=255) ccAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTtaat < 2:4319493/150‑1 (MQ=255) ccAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTtaat < 1:2285927/150‑1 (MQ=255) cAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCGATGTTAAATAGCAGAGGAGGATTGTAATGTCCCGCGCACGCCGTGTAAACGAGGGAAAACGGCAGGTTTAAAAACGCGTtaaaa > 1:4480788/1‑148 (MQ=255) cAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCGATGTTAAAACGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTTGAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACACTCGCGTtaata > 2:1355788/1‑150 (MQ=255) aGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAAAGGCAGTTTTAAAATCGCGTtaataa > 2:4521926/1‑150 (MQ=255) aTCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAat < 2:1363449/150‑1 (MQ=255) tCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGACGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCCCGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAatt < 1:34165/150‑1 (MQ=255) cAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTGTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAAAGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAatta > 2:2259669/1‑150 (MQ=255) gTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTTCGATGATAAATAGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGGTGTAAACGAGGTAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAaattaatt > 2:1914241/1‑150 (MQ=255) gTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTAAAATCGCGTTAATAAATTAttt < 1:1197547/150‑1 (MQ=255) 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tCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTTCGATGATAAAACGCAGAGGAGGATGGTAAAGTCCCGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACCGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAAATATTTGATATATGAATCCAGCACCGTCa > 2:2558434/1‑150 (MQ=255) tCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACTAGGAATAACGGCAGTTTTAAAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCa < 2:1995843/150‑1 (MQ=255) tCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTAAAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCa < 2:510593/150‑1 (MQ=255) cACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAg < 2:1975428/150‑1 (MQ=255) aGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGTTATATGAATCCAGCACCATCAGAACGACAt > 2:3022604/1‑150 (MQ=255) 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tACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCAGACCGTTTACcgc > 1:497493/1‑150 (MQ=255) cAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCAGACCGTTTACCgcgc < 2:1021804/150‑1 (MQ=255) | GCTGGCATTATCCAGATCAGGTGATACGGGTATTTCTCAGCCTTCACGCAGAAGGGCACCCCGAGTCGTTTGGTTGCGATGATAAATCGCAGAGGAGGATGGTAATGTCCAGCGCACGCGTTGTAAACGAGGAAAAACGGCAGTTTTACAATCGCGTTAATAAATTATTTGATATATGAATCCAGCACCTTCAGAACGACATCCAGATCTTCTTCACGTTTTAGCTCATCCCCCTGGTGAACGATGTGTTCCGTCAGATGACCTTTAATCACTTCCCGCATCAGACCGTTTACCGCGC > CP009273/2178839‑2179136 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |