| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,181,645 | A→G | 100% | N83N (AAT→AAC) | yehA ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,181,645 | 0 | A | G | 96.0% | 826.3 / 13.1 | 223 | N83N (AAT→AAC) | yehA | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/3); new base G (101/112); total (107/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
AATCATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCCGACGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCATGACGAATCATTAAAATTATGCTCATATGTCGCCATTTGTGTTTGAGTAAGTGCAAAATCCCCCTG > CP009273/2181498‑2181791 | aaTCATCACTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAagtt < 1:288887/150‑1 (MQ=255) aCTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAAtttt < 2:2717634/150‑1 (MQ=255) aCTGAACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACTGAATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTTGACAACGTGATGTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAGTTTAAtttt > 2:879509/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |