Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,372,282 | C→A | 10.1% | D153Y (GAC→TAC) | menD ← | 2‑succinyl‑5‑enolpyruvyl‑6‑hydroxy‑3‑ cyclohexene‑1‑carboxylate synthase; SEPHCHC synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,372,282 | 0 | C | A | 10.1% | 1091.9 / 62.2 | 297 | D153Y (GAC→TAC) | menD | 2‑succinyl‑5‑enolpyruvyl‑6‑hydroxy‑3‑ cyclohexene‑1‑carboxylate synthase; SEPHCHC synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (106/161); new base A (16/14); total (122/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
TTCACGCAGCCACGGTTTGTCGTCCTGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATCGGCGGTTA > CP009273/2372133‑2372431 | ttCACGCAGCCACGGTTTGTCGTCCTGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTc < 1:3657534/150‑1 (MQ=255) tCACGCAGCCACGGTTTGTCGTCCTGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCg < 2:3907905/150‑1 (MQ=255) tCACGCAGCCACGGTTTGTCGTCCTGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCg > 1:3085081/1‑150 (MQ=255) aCGCAGCCACGGTTTGTCGTCCTGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGAt > 2:1912645/1‑150 (MQ=255) gCAGCCACGGTTTGTCGTCCTGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATgg < 1:1302458/150‑1 (MQ=255) aGCCACGGTTTGTCGTCCTGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTa < 2:4252020/150‑1 (MQ=255) aCGGTTTGTCGTCCTGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGaaa < 1:1570501/150‑1 (MQ=255) aCGGTTTGTCGTCCTGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGaaa > 2:2611797/1‑150 (MQ=255) ggTTTGTCGTCCTGCAAACATTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCACGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGATAGCGTTGTCTATGGTAGAAAcc < 2:3461794/150‑1 (MQ=255) gtcgtcCTGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCa < 1:4557077/150‑1 (MQ=255) gtcCTGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACg < 2:1304521/150‑1 (MQ=255) gtcCTGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACg < 2:4519774/150‑1 (MQ=255) ccTGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTg < 2:4091648/150‑1 (MQ=255) tGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATTCAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCg < 2:1375207/150‑1 (MQ=255) tGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCg > 1:2022643/1‑150 (MQ=255) gCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCgg > 2:4165994/1‑150 (MQ=255) ccaccaGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCggg > 1:3419278/1‑150 (MQ=255) ccaccaGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTAGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCggg > 2:4000565/1‑150 (MQ=255) caccaGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCgggg > 2:4371383/1‑150 (MQ=255) caccaGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCgggg < 1:3592221/150‑1 (MQ=255) accaGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGa > 1:2862521/1‑150 (MQ=255) accaGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTAGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGa > 1:4400021/1‑150 (MQ=255) ccaGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGat > 2:2076497/1‑150 (MQ=255) ccaGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGat < 2:164046/150‑1 (MQ=255) caGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGata < 1:1115229/150‑1 (MQ=255) caGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTAGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGata < 2:3405590/150‑1 (MQ=255) aGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGTTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTAGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGatat < 2:1197668/150‑1 (MQ=255) tCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATcc < 2:4595673/150‑1 (MQ=255) cACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCt < 1:2283446/150‑1 (MQ=255) aCCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTg < 2:696844/150‑1 (MQ=255) ccAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTAGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTggg > 1:2957566/1‑150 (MQ=255) aGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTc < 1:2585957/150‑1 (MQ=255) cGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCggg > 2:555060/1‑150 (MQ=255) tGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGgcgc > 2:3810083/1‑150 (MQ=255) gTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGcgcg > 2:4276442/1‑150 (MQ=255) gTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGcgcg < 1:680502/150‑1 (MQ=255) tGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGc < 1:3155227/150‑1 (MQ=255) tGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGc < 2:386148/150‑1 (MQ=255) ccAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCaa < 1:1935073/150‑1 (MQ=255) cAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCact > 2:2878595/1‑148 (MQ=255) cAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAAt < 1:1347943/150‑1 (MQ=255) cAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAAt > 2:1481211/1‑150 (MQ=255) aaGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAAt > 1:3615847/1‑150 (MQ=255) aaGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAAt < 2:3602269/150‑1 (MQ=255) aaGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGAGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAAt > 1:1951755/1‑150 (MQ=255) cccGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACt < 2:1810252/150‑1 (MQ=255) ggTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACtgtg > 1:830850/1‑150 (MQ=255) ggTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTAGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACtgtg < 1:1474508/150‑1 (MQ=255) gTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGc < 1:216116/150‑1 (MQ=255) tATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCg < 1:2489353/150‑1 (MQ=255) gTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTAGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTggg > 2:3513039/1‑150 (MQ=255) tCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTgggg < 2:911036/150‑1 (MQ=255) cATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTg < 1:951384/150‑1 (MQ=255) aTTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTga < 2:2357927/150‑1 (MQ=255) tttCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTgag < 1:3550592/150‑1 (MQ=255) tCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGagag > 1:4482005/1‑150 (MQ=255) gCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGc < 1:3893811/150‑1 (MQ=255) cATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGa > 1:2008041/1‑150 (MQ=255) cATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTAGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGa > 2:220904/1‑150 (MQ=255) aTACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGaa > 1:802604/1‑150 (MQ=255) aTACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGaa > 1:1420196/1‑150 (MQ=255) tACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAAc < 1:3792809/150‑1 (MQ=255) aGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACAtt > 1:3013527/1‑150 (MQ=255) aGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACAtt > 1:2622742/1‑150 (MQ=255) aGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGAGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCACTGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACAtt > 2:4134040/1‑150 (MQ=255) ggTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGACACCAGCCAACGTGCGGGGTTATCCTGGGTCGGGCGCGGCTATGAATTACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTccc < 2:2691240/150‑1 (MQ=255) tCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGTCGAACATTCCCGGc > 1:3510435/1‑150 (MQ=255) tCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGc > 2:1460654/1‑150 (MQ=255) cAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCt < 2:1153128/150‑1 (MQ=255) cAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGc > 2:2818306/1‑150 (MQ=255) aaaCGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCg > 1:2775878/1‑150 (MQ=255) gCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGc > 2:498851/1‑150 (MQ=255) cAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTAGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGcc < 1:4000485/150‑1 (MQ=255) gTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTg < 1:1348623/150‑1 (MQ=255) tatGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTcg < 1:4232062/150‑1 (MQ=255) tatGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTcg < 1:709105/150‑1 (MQ=255) atGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTcgc < 2:4475109/150‑1 (MQ=255) tGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTcgcg < 1:660879/150‑1 (MQ=255) tGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTcgcg < 2:3017256/150‑1 (MQ=255) gACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGcgcc > 2:1444406/1‑150 (MQ=255) ccGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTAGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCaa < 2:589691/150‑1 (MQ=255) gCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAAtt < 1:1433019/150‑1 (MQ=255) aTGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAg < 1:3259354/150‑1 (MQ=255) tGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGc > 1:879914/1‑150 (MQ=255) aaGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTc > 2:1075675/1‑150 (MQ=255) aGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCTATTAGCTcc < 1:1045875/150‑1 (MQ=255) aGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTcc < 2:4011990/150‑1 (MQ=255) aCCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCcggcgg < 2:2516065/150‑1 (MQ=255) agagCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGa > 1:2712324/1‑150 (MQ=255) gagCGTGGTAGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGAt > 1:2061393/1‑150 (MQ=255) agCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATc < 1:1730564/150‑1 (MQ=255) gCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATcg < 2:2323299/150‑1 (MQ=255) gCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATcg < 1:700770/150‑1 (MQ=255) gTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATcggc < 1:2422489/150‑1 (MQ=255) tGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATcggcg > 2:3234462/1‑150 (MQ=255) gTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATCGGCGGt > 1:4052850/1‑150 (MQ=255) tCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATCGGCGGtt < 2:3713579/150‑1 (MQ=255) cGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATCGGCGGTTa > 2:3526022/1‑150 (MQ=255) cGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATCGGCGGTTa < 2:4472790/150‑1 (MQ=255) cGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATCGGCGGTTa < 2:3131825/150‑1 (MQ=255) | TTCACGCAGCCACGGTTTGTCGTCCTGCCACCAGTCACCCAGACGCTGTTGCCAGCTAAGCCCGGTATCGTCCATTTCGCCATACAGCGGTTCAGCAAACGGGCAGTTGATATGGACTCCCCCCGCATGAAGCGTACCGAGAGCGTGGTCGATGGTAGAAACCAGCCAACGTGCGGGGATATCCTGGGTCGGGCGCGGCAATGAAATACTGTGCGTGGGGTGAGAGGCGAACATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATCGGCGGTTA > CP009273/2372133‑2372431 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |