| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,392,190 | G→T | 43.2% | V485V (GTC→GTA) | nuoG ← | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 2,392,190 | 0 | G | T | 43.2% | 280.1 / inf | 284 | V485V (GTC→GTA) | nuoG | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (85/76); new base T (65/57); total (151/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
AACGGGCAATCATGGTGATACCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGCCTGATCTTCAACCGGTGCGCGGTAAGTCCACGCCGCGATATCATCCAGACGGGTGTC > CP009273/2392042‑2392339 | aCGGGCAATCATGGTGATACCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGAc < 2:891049/150‑1 (MQ=255) cGGGCAATCATGGTGATACCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATTACg > 2:335572/1‑150 (MQ=255) ggCAATCATGGTGATACCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTc < 2:191627/150‑1 (MQ=255) tCATGGTGATACCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCAGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATTACGTCGAttt < 1:699741/150‑1 (MQ=255) cATGGTGATACCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATTACGTCGAtttt > 2:3778920/1‑150 (MQ=255) aTGGTGATACCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATtttg > 1:342392/1‑150 (MQ=255) ggTGATACCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATTACGTCGATtttgct > 1:2410587/1‑150 (MQ=255) gTGATACCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATtttgctt > 1:99837/1‑150 (MQ=255) 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cTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTg < 1:4185747/150‑1 (MQ=255) tttCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGc > 1:1649406/1‑150 (MQ=255) ttCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATTACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCa < 1:238864/150‑1 (MQ=255) gACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGtt > 2:2193251/1‑150 (MQ=255) gACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGtt > 1:1359640/1‑150 (MQ=255) 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cAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGCCTGATCTTCAACCGGTGCGCGGTAAGTCCACGCCGCGATatc > 1:3509449/1‑150 (MQ=255) cAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGCCTGATCTTCAACCGGTGCGCGGTAAGTCCACGCCGCGATatc < 1:3962343/150‑1 (MQ=255) aGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGCCTGATCTTCAACCGGTGCGCGGTAAGTCCACGCCGCGATatca < 1:3098446/150‑1 (MQ=255) tGCCTGCACGATTACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGCCTGATCTTCAACCGGTGCGCGGTAAGTCCACGCCGCGATatcatc < 1:1264298/150‑1 (MQ=255) tGCCTGCACGATTACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGCCTGATCTTCAACCGGTGCGCGGTAAGTCCACGCCGCGATatcatc < 1:2326799/150‑1 (MQ=255) 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aTGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGCCTGATCTTCAACCGGTGCGCGGTAAGTCCACGCCGCGATATCATCCAGACGGgtg < 1:3217115/150‑1 (MQ=255) gACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGCCTGATCTTCATCCGGTGCGCGGTAAGTCCTCGCCGCGATATCATCCAGACGGGTGtc < 2:1128716/150‑1 (MQ=255) | AACGGGCAATCATGGTGATACCGACGTCAGCGCCGCGACCTTTCAGGGCTTTCGCGACGTTAGCCGCCGCCTGAATCACCTCTAAGCTACCGGCGTTCGTCCCGGAGATAATCAACGGTTTCTTCGCACCTGCCAGTGCCTGCACGATGACGTCGATTTTGCTTTGCAGCTCAGGTTCGATACCGTCAACCGCTGGTGCAGAGTTATCCAGCGCATGGGCGATGGCAAAACCTAAACGCGCCTGATCTTCAACCGGTGCGCGGTAAGTCCACGCCGCGATATCATCCAGACGGGTGTC > CP009273/2392042‑2392339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |