Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,453,358 | G→T | 17.7% | I197I (ATC→ATA) | fadI ← | beta‑ketoacyl‑CoA thiolase, anaerobic, subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,453,358 | 0 | G | T | 17.7% | 843.8 / 115.7 | 276 | I197I (ATC→ATA) | fadI | beta‑ketoacyl‑CoA thiolase, anaerobic, subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (106/121); new base T (26/23); total (132/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
TTACCGCGAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCTGGCTCATGGTACGAGCTTTGTT > CP009273/2453209‑2453507 | ttACCGCGAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTg < 2:2398040/150‑1 (MQ=255) aCCGCGAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTAt > 1:2384157/1‑150 (MQ=255) aCCGCGAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTAt > 2:4174067/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATAGTGGTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATg < 2:2633054/150‑1 (MQ=255) agcgAATAGTGTTGTCTTCTACAAGCTGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGTCACTCTGTTGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGc > 2:2304719/2‑150 (MQ=255) cgAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCg < 1:2912544/150‑1 (MQ=255) gAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGt > 2:3258929/1‑150 (MQ=255) atTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGt > 1:3743222/1‑150 (MQ=255) atTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGt > 1:1799736/1‑150 (MQ=255) atTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGGTCTCGGGTGATGCCGTAGGt > 2:175930/1‑150 (MQ=255) ttgttgTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGtt < 2:1957511/150‑1 (MQ=255) ttgtCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAAGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTc < 1:3837907/150‑1 (MQ=255) tgtCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGACACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCg < 2:1481549/150‑1 (MQ=255) cTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCa > 2:3971241/1‑150 (MQ=255) gACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTg < 1:1723362/150‑1 (MQ=255) gACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTg > 1:1466779/1‑150 (MQ=255) gACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTg < 2:1628045/150‑1 (MQ=255) aCAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGc > 1:3334416/1‑150 (MQ=255) 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tgttTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGgtg > 1:771638/1‑150 (MQ=255) tttATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTc < 2:4373025/150‑1 (MQ=255) ttATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCg < 2:4461994/150‑1 (MQ=255) aggaggGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCAt < 2:3448835/150‑1 (MQ=255) gaggGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATcc > 1:1124561/1‑150 (MQ=255) 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ccTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTg > 1:2764743/1‑150 (MQ=255) ccTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTg > 1:452053/1‑150 (MQ=255) tcttctTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTTATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCt > 1:270155/1‑150 (MQ=255) cttcttTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTa > 2:247143/1‑150 (MQ=255) tcttTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTAcc < 1:2124000/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |