| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,501,358 | G→T | 15.4% | R6S (CGC→AGC) | fryC ← | putative enzyme IIC component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,501,358 | 0 | G | T | 15.4% | 793.1 / 86.5 | 247 | R6S (CGC→AGC) | fryC | putative enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (81/128); new base T (16/22); total (97/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
CACACCGCCCATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCTTTGATGATGCCCGCAGCGTTTTTAATTGCGTCCTGCAAAGTGATTTCATAAACGTCGCGTGATTCGAAACGTTCG > CP009273/2501209‑2501506 | cacaCCGCCCATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCg > 2:1671001/1‑150 (MQ=255)cacaCCGCCCATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCg < 2:57069/150‑1 (MQ=255) acCGCCCATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGttt < 2:949628/150‑1 (MQ=255) cGCCCATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGttttt > 2:615409/1‑150 (MQ=255) cGCCCATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGttttt > 1:2036606/1‑150 (MQ=255) gCCCATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGtttttt < 1:3685949/150‑1 (MQ=255) cccATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGATGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTa < 2:1676911/150‑1 (MQ=255) ccATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTaa > 1:4326251/1‑150 (MQ=255) ccATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTaa < 1:38323/150‑1 (MQ=255) cATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAAt > 2:1365848/1‑150 (MQ=255) aaTTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCTTTTTTTAATGGc < 1:3012622/150‑1 (MQ=255) aaTTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGc > 2:455406/1‑150 (MQ=255) aaTTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGc > 2:2557739/1‑150 (MQ=255) ttAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGGTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCa > 1:773178/1‑150 (MQ=255) aaGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATa < 2:4058501/150‑1 (MQ=255) aGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACCTGCTGCGGGAGGTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATaa < 2:3042304/150‑1 (MQ=255) cGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAAt < 1:4494917/150‑1 (MQ=255) cGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAAt > 1:1302573/1‑150 (MQ=255) gCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCTTTTTTTAATGGCCATAACAATTa > 2:406379/1‑150 (MQ=255) cACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCTTTTTTTAATGGCCATAACAATTAt > 1:3313834/1‑150 (MQ=255) cACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCTTTTTTTAATGGCCATAACAATTAt < 1:1058177/150‑1 (MQ=255) cACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCTTTTTTTAATGGCCATAACAATTAt < 1:1493207/150‑1 (MQ=255) cACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTAt > 2:2936498/1‑150 (MQ=255) aCCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATc < 2:17538/150‑1 (MQ=255) ccATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCTTTTTTTAATGGCCATAACAATTATcc < 2:3169342/150‑1 (MQ=255) gCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCTTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGt < 2:2861070/150‑1 (MQ=255) gCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCTTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGt < 2:2861080/150‑1 (MQ=255) gCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGt < 2:2266362/150‑1 (MQ=255) cGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTc < 2:2600486/150‑1 (MQ=255) tGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGa < 1:4162206/150‑1 (MQ=255) gAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCTTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGaa > 1:2964573/1‑150 (MQ=255) cccTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTa < 1:4233354/150‑1 (MQ=255) cccTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTa < 2:3505045/150‑1 (MQ=255) tGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACtg > 2:1613619/1‑150 (MQ=255) gACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACtgt < 2:72708/150‑1 (MQ=255) cATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACtgttg < 1:1075236/150‑1 (MQ=255) cATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACtgttg < 2:2068212/150‑1 (MQ=255) cATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACtgttg < 2:216232/150‑1 (MQ=255) cATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACtgttg < 2:2352568/150‑1 (MQ=255) caTGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCag > 2:2500976/1‑150 (MQ=255) tgctgcGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCagag < 1:56095/150‑1 (MQ=255) gctgcGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAgg < 1:3779284/150‑1 (MQ=255) tgcGGGAGTTCACCCCATAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGAGGAATATTAACAGCCGCTGCCGCACCAGATGCGCCAGGCACAACTGTTGCACTGCGTATTTTAATGGCCAAAACAATTATCCCTGTCGAATATAACTGTTGTTCAGAggaa > 2:1377260/1‑148 (MQ=255) 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cAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCTTTGATGATGCCCGCAGCGTTTTTAATTGCGTCCTGCAAAGTGATTTCATAAACGt > 2:2407789/1‑150 (MQ=255) aGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCTTTGATGATGCCCGCAGCGTTTTTAATTGCGTCCTGCAAAGTGATTTCATAAACGTc < 1:3434227/150‑1 (MQ=255) aGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCTTTGATGATGCCCGCAGCGTTTTTAATTGCGTCCTGCAAAGTGATTTCATAAACGTc < 1:1479483/150‑1 (MQ=255) cGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCTTTGATGATGCCCGCAGCGTTTTTAATTGCGTCCTGCAAAGTGATTTCATAAACGTCGCGTGAtt < 1:3370742/150‑1 (MQ=255) ggTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATATCAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCTTTGATGATGCCCGCAGCGTTTTTAATTGCGTCCTGCAAAGTGATTTCATAAACGTCGCGTGATTc < 1:4023546/150‑1 (MQ=255) 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aCTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCTTTGATGATGCCCGCAGCGTTTTTAATTGCGTCCTGCAAAGTGATTTCATAAACGTCGCGTGATTCGAAAcg < 2:639764/150‑1 (MQ=255) aCTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCTTTGATGATGCCCGCAGCGTTTTTAATTGCGTCCTGCAAAGTGATTTCATAAACGTCGCGTGATTCGAAAcg > 2:1574540/1‑150 (MQ=255) | CACACCGCCCATAATTAAGGTCGGCACCATGCGTGAAATCCCTGACATCACATGCTGCGGGAGTTCACCCCAGAAGCTGGTTTTAGAGGCCTGCGGATTCTTAACTGCCGCTGCCGCACCGGATGCGCCAGGCACAACGGTTGCACTGCGTTTTTTAATGGCCATAACAATTATCCCTGTCGAATATTACTGTTGTTCAGAGGCAATCATCTCTTCGATTTCTTTGATGATGCCCGCAGCGTTTTTAATTGCGTCCTGCAAAGTGATTTCATAAACGTCGCGTGATTCGAAACGTTCG > CP009273/2501209‑2501506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |