Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,520,652 | C→A | 100% | I116I (ATC→ATA) | yfeH → | putative inorganic ion transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,520,652 | 0 | C | A | 95.4% | 1035.2 / 35.9 | 323 | I116I (ATC→ATA) | yfeH | putative inorganic ion transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/6); new base A (146/162); total (155/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
GCATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAGCAGGTCGG > CP009273/2520505‑2520798 | gCATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGAGTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGc < 2:3520387/150‑1 (MQ=255) cATTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGcc < 2:642952/150‑1 (MQ=255) aTTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGACACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCt > 2:4180977/1‑150 (MQ=255) aTTTGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCt < 2:712659/150‑1 (MQ=255) tttGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCtt < 1:3801324/150‑1 (MQ=255) tttGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCtt < 2:2409535/150‑1 (MQ=255) ttGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTc > 2:3062999/1‑150 (MQ=255) ttGTGGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTc < 2:544882/150‑1 (MQ=255) tgGGTAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACg < 1:2044152/150‑1 (MQ=255) tAATGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGAGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCaa < 1:2375654/150‑1 (MQ=255) aaTGTGCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAAt < 1:1690641/150‑1 (MQ=255) tgtgCAGCACCTTAGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATgg < 1:124911/150‑1 (MQ=255) gtgCAGCACCTTCGTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATggc < 1:3228344/150‑1 (MQ=255) 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gTGCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTc < 2:401280/150‑1 (MQ=255) gCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTcgc > 1:2037392/1‑150 (MQ=255) gCTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTcgc > 2:2875532/1‑150 (MQ=255) cTGTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTcgcg < 1:4097076/150‑1 (MQ=255) gTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGc > 2:4270360/1‑150 (MQ=255) gTTTCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGc < 2:4485181/150‑1 (MQ=255) tttCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCa > 1:3831793/1‑150 (MQ=255) ttCCGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAg > 1:4140622/1‑150 (MQ=255) ccGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCg < 2:3112073/150‑1 (MQ=255) ccGATTCTGGGTGTACTGTTTGCCTGGTGGAAACCGGTAAATGTCGACCCGATGCTCTACTCCGGTTTTCTCTACTTGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCg < 1:4271255/150‑1 (MQ=255) 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ttGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGtt < 1:2848112/150‑1 (MQ=255) ttGTGCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGtt < 1:535408/150‑1 (MQ=255) tgtgCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATCGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTc < 1:429502/150‑1 (MQ=255) gtgCATTCTCCCGGCGACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCa < 2:3744005/150‑1 (MQ=255) gCATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACg > 2:3399367/1‑150 (MQ=255) cATTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACgg < 2:3443727/150‑1 (MQ=255) aTTCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGt > 2:3716130/1‑150 (MQ=255) ttCTCCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTg < 1:3402785/150‑1 (MQ=255) ctcCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCa < 2:2194251/150‑1 (MQ=255) ctcCCGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCa > 1:2323859/1‑150 (MQ=255) ccGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAggg < 1:2719041/150‑1 (MQ=255) cGGCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAgggg > 1:3260321/1‑150 (MQ=255) ggCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGGTGGTCTGGTGATGACTGTTCACGGTGCAggggg > 1:2168103/1‑150 (MQ=255) gCTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGc > 2:4128758/1‑150 (MQ=255) cTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCa < 1:984787/150‑1 (MQ=255) cTACCGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCa < 1:3131817/150‑1 (MQ=255) ccGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGcc < 2:2636704/150‑1 (MQ=255) ccGTGCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGcc > 1:80897/1‑150 (MQ=255) gCAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGa < 2:1812453/150‑1 (MQ=255) cAGTCTGCAATAGCCTTCACGTCAATGGCGGGCGGTAACGTCGCGGCAGCGGTTTGTTCTGCGTCGGCATCCAGCCTGCTGGGGATTTTCCTTTCACCATTGCTGGTTGGTCTGGTGATGAATGTTCACGGTGCAGGGGGCAGCCTTGAg > 1:3779681/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |