Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 2,549,778 | C→A | 46.1% | M293I (ATG→ATT) | eutC ← | ethanolamine ammonia‑lyase, small subunit (light chain) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,549,778 | 0 | C | A | 46.1% | 242.1 / inf | 298 | M293I (ATG→ATT) | eutC | ethanolamine ammonia‑lyase, small subunit (light chain) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (94/66); new base A (81/57); total (175/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
GTCGGCAGAAATCAGACCGAGGCTACGAATATGCGGCGGCAATTTCAGTTCACGCGCAAAATCGGCGTTAACGGAGGCAATCACCCGCATAGCGGTGACAGACGGTCGAATCAAATCTAAAGCTGGCATGATGCCTCCTTATCGGGTCATGTTGATGCCGGATGCTTTCTGCTCCAGCATACGTTTCGCCAAATCCACAATGACGGCTGCGGCTTCAACCGGCGGCGTGCCGCCCTGGTGAATGTTAGAGATACAGGTGCGATCGGCCTCAACGGTGGTCGCCATACGCGGCGAGTA > CP009273/2549631‑2549927 | cGGCAGAAATCAGACCGAGGCTACGAATATGCGGCGGCAATTTAAGTTCACGCGCAAAATCGGCGTTAACGGAGGCAATCACCCGCATAGCGGTGACAGACGGTCGAATCAAATCTAAAGCTGGCATGATGCCTCCTTATCGGGTAATGt > 2:228829/1‑150 (MQ=255) ggCAGAAATCAGACCGAGGCTACGAATATGCGGCGGCAATTTAAGTTCACGCGCAAAATCGGCGTTAACGGAGGCAATCACCCGCATAGCGGTGACAGACGGTCGAATCAAATCTAAAGCTGGCATGATGCCTCCTTATCGGGTCATGtt > 1:807896/1‑150 (MQ=255) gCAGAAATCAGACCGAGGCTACGAATATGCGGCGGCAATTTAAGTTCACGCGCAAAATCGGCGTTAACGGAGGCAATCACCCGCATAGCGGTGACAGACGGTCGAATCAAATCTAAAGCTGGCATGATGCCTCCTTATCGGGTCATGTTg > 1:2384867/1‑150 (MQ=255) aGAAATCAGACCGAGGCTACGAATATGCGGCGGCAATTTAAGTTCACGCGCAAAATCGGCGTTAACGGAGGCAATCACCCGCATAGCGGTGACAGACGGTCGAATCAAATCTAAAGCTGGCATGATGCCTCCTTATCGGGTCATGTTGAt < 1:752792/150‑1 (MQ=255) aGAAATCAGACCGAGGCTACGAATATGCGGCGGCAATTTAAGTTCACGCGCAAAATCGGCGTTAACGGAGGCAATCACCCGCATAGCGGTGACAGACGGTCGAATCAAATCTAAAGCTGGCATGATGCCTCCTTATCGGGTAATGTTGAt > 1:4316943/1‑150 (MQ=255) gAAATCAGACCGAGGCTACGAATATGCGGCGGCACTTTAAGTTCACGCGCAAAATCGGCGTTAACGGAGGCAATCACCCGCATAGCGGTGACAGACGGTCGAATCAAATCTAAAGCTGGCATGATGCCTCCTTATCGGGTAATGTTGATg < 1:2271801/150‑1 (MQ=255) aaTCAGACCGAGGCTACGAATATGCGGCGGCAATTTAAGTTCACGCGCAAAATCGGCGTTAACGGAGGCAATCACCCGCATAGCGGTGACAGACGGTCGAATCAAATCTAAAGCTGGCATGATGCCTCCTTATCGGGTAATGTTGATGcc < 1:3385325/150‑1 (MQ=255) aGACCGAGGCTACGAATATGCGGCGGCAATTTAAGTTCACGCGCAAAATCGGCGTTAACGGAGGCAATCACCCGCATAGCGGTGACAGACGGTCGAATCAAATCTAAAGCTGGCATGATGCCTCCTTATCGGGTCATGTTGATGCCGGAt < 1:1244183/150‑1 (MQ=255) 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cGGGTAATGTTGATGCCGGATGCTTTCTGCTCCAGCATACGTTTCGCCAAATCCACAATGACGGCTGCGGCTTCAACCGGCGGCGTGCCGCCCTGGTGAATGTTAGAGATACAGGTGCGATCGGCCTCAACGGTGGTCGCCATACgcggc < 1:3044094/150‑1 (MQ=255) gggTCATGTTGATGCCGGATGCTTTCTGCTCCAGCATACGTTTCGCCAAATCCACAATGACGGCTGCGGCTTCAACCGGCGGCGTGCCGCCCTGGTGAATGTTAGAGATACAGGTGCGATCGGCCTCAACGGTGGTCGCCATACgcggcg > 1:1096759/1‑150 (MQ=255) | GTCGGCAGAAATCAGACCGAGGCTACGAATATGCGGCGGCAATTTCAGTTCACGCGCAAAATCGGCGTTAACGGAGGCAATCACCCGCATAGCGGTGACAGACGGTCGAATCAAATCTAAAGCTGGCATGATGCCTCCTTATCGGGTCATGTTGATGCCGGATGCTTTCTGCTCCAGCATACGTTTCGCCAAATCCACAATGACGGCTGCGGCTTCAACCGGCGGCGTGCCGCCCTGGTGAATGTTAGAGATACAGGTGCGATCGGCCTCAACGGTGGTCGCCATACGCGGCGAGTA > CP009273/2549631‑2549927 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |