| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,589,808 | G→T | 12.8% | Q97K (CAG→AAG) | ypfJ ← | putative neutral zinc metallopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,589,808 | 0 | G | T | 12.8% | 1012.8 / 79.0 | 293 | Q97K (CAG→AAG) | ypfJ | putative neutral zinc metallopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (133/122); new base T (11/27); total (144/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.82e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
ATAGAAGGAGAGATCGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGAATTTTGCGGCTTCGTCTTCATTTGGGCTAATTGACCGCGTTGATTGTTGTTGGGAAACCGGCTGCCCGGTCATCAACCCGGTTAAATCAACACCATAGTAGCCT > CP009273/2589659‑2589956 | aGAAGGAGAGATCGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACtgtt > 1:3585950/1‑150 (MQ=255) aGGAGAGATCGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTc < 1:1835696/150‑1 (MQ=255) aGGAGAGATCGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTc < 1:4630125/150‑1 (MQ=255) ggAGAGATCGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTcc > 1:879331/1‑150 (MQ=255) gagagaTCGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTccc < 2:3348311/150‑1 (MQ=255) agaTCGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAg > 1:1226282/1‑150 (MQ=255) agaTCGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAg < 1:726032/150‑1 (MQ=255) agaTCGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAg > 2:372329/1‑150 (MQ=255) cGATATAAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTTTTGTCCCCAGgtgt < 1:3338576/150‑1 (MQ=255) tataAACCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCtt < 1:2008440/150‑1 (MQ=255) aCCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTg < 1:1889422/150‑1 (MQ=255) aCCGTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTg < 1:3101979/150‑1 (MQ=255) gTGCCATCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGtt > 1:2222030/1‑150 (MQ=255) aTCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAg > 2:3830787/1‑150 (MQ=255) aTCCGCCGGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAg > 2:1509013/1‑150 (MQ=255) ccgccgGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCCGaa > 2:2899963/1‑150 (MQ=255) cgccgGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAAt > 1:4102971/1‑150 (MQ=255) ccgGGCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTTTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCa < 1:1591288/150‑1 (MQ=255) 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ggCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCg > 1:1538825/1‑150 (MQ=255) ggCAATAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCg > 1:3859337/1‑150 (MQ=255) aaTAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAgg < 2:1626475/150‑1 (MQ=255) aTAGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTGTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGt < 2:2632960/150‑1 (MQ=255) aGAACGGCCCCATTATGGACTGGCCCGCCCCGCAGCCGGTACGCGTCATTCCACGGTACATGACCAGCTTCGGTTGCTGATAGGTCTTACCCATCTTCTCGAACTTTTGTCCCCAGGTGTCTTCCGTGGTTGCCAGAATCACCGAGGTGa > 2:72828/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |