| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,658,679 | G→T | 45.0% | intergenic (+76/‑115) | yfhR → / → csiE | putative S9 family prolyl oligopeptidase/stationary phase inducible protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,658,679 | 0 | G | T | 45.0% | 251.8 / inf | 292 | intergenic (+76/‑115) | yfhR/csiE | putative S9 family prolyl oligopeptidase/stationary phase inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/83); new base T (56/76); total (133/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
GATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTC > CP009273/2658532‑2658828 | gATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAatat > 1:961511/1‑150 (MQ=255) aTCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATg > 1:19953/1‑150 (MQ=255) aTCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAATATg < 2:686271/150‑1 (MQ=255) 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aTCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCACACTTTAGCTCTTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACg > 2:91237/1‑150 (MQ=255) cACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCtt > 1:2865518/1‑150 (MQ=255) cACTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCtt > 1:2863590/1‑150 (MQ=255) aCTGGTCAGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTg < 2:36884/150‑1 (MQ=255) ggTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTc > 2:1473580/1‑150 (MQ=255) aGAACAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTccacc < 2:2134786/150‑1 (MQ=255) aGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTccacc > 2:1681575/1‑150 (MQ=255) aaCAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCAt > 1:1766560/1‑150 (MQ=255) cAGTTTAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCt < 1:155689/150‑1 (MQ=255) agattAATATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTg < 2:3843017/147‑1 (MQ=255) aaGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCtt > 1:2084795/1‑150 (MQ=255) gATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTc > 2:4289597/1‑150 (MQ=255) | GATCGTCACGGCGATGTTTATCGCGAACAGATGGTGGACTTTATCCTTAGCGCGTTGAATCCGCAGAACTAACCCATGATCGCTAGCACGATAATCATTCACAAAACCACCTTAAGACATGCTAATCCACTGGTCAGAACAGTTTAAGATGAGAAAAATTCTGTGACGCTTGCCAACATTTCTGATGATTAGCATTCCCTTCGCCATTTCCTTGAGCAAACTTTAGCTATTCTTATCAATTATGCTTATGGGAGATCTACAGATGATGCCTACGCTTGCTCCACCATCTGTCCTTTC > CP009273/2658532‑2658828 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |