| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,665,772 | G→T | 5.2% | E123* (GAA→TAA) | hcaD → | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,665,772 | 0 | G | T | 5.2% | 962.5 / 18.3 | 257 | E123* (GAA→TAA) | hcaD | phenylpropionate dioxygenase, ferredoxin reductase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (116/127); new base T (7/7); total (123/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
TTCATCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTG > CP009273/2665623‑2665921 | ttCATCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGgag < 1:1357507/150‑1 (MQ=255) aTCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAAc < 1:3394028/150‑1 (MQ=255) gCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACgctg > 2:3994133/1‑150 (MQ=255) cATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGGTGCGTGATGCACAGGGAGCACgctgc > 1:484326/1‑150 (MQ=255) aTTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACgctgct < 1:1058967/150‑1 (MQ=255) aTTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCGGCCGGTGCTTGATTCACTGGGAGAACgcagct > 1:1332260/1‑150 (MQ=255) ttCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCtt < 1:4316160/150‑1 (MQ=255) gtgtAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGGTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTAccc > 2:3765790/1‑150 (MQ=255) tgtAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCt < 2:1314882/150‑1 (MQ=255) tgtAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCt < 2:2731650/150‑1 (MQ=255) gtAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTa < 2:3942333/150‑1 (MQ=255) tAACCATCATAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGTCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTAc < 1:3231956/150‑1 (MQ=255) tAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTAc > 1:4243331/1‑150 (MQ=255) tAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTAc < 2:1144954/150‑1 (MQ=255) aaCCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACg < 2:3847691/150‑1 (MQ=255) aCCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGc > 2:1779477/1‑150 (MQ=255) ccATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCACCGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGcc < 2:4048735/150‑1 (MQ=255) ccATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGcc < 2:1480537/150‑1 (MQ=255) 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cGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCa > 2:3360187/1‑150 (MQ=255) cTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcg < 2:2637343/150‑1 (MQ=255) gTTGCTTGATGCACTGGGATAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcg < 2:2450357/150‑1 (MQ=255) gTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcg < 1:3764333/150‑1 (MQ=255) gTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCAcgcagcg < 1:1443665/150‑1 (MQ=255) 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cTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTg < 1:4045090/150‑1 (MQ=255) gagaACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAg > 2:4479506/1‑150 (MQ=255) | TTCATCTGCATTCCGGTGTAACCATCAAAACGCTGGGTCGCGACACACGAGAGTTAGTGTTAACCAACGGCGAAAGCTGGCACTGGGATCAGCTTTTTATAGCAACCGGCGCGGCAGCTCGACCGCTGCCGTTGCTTGATGCACTGGGAGAACGCTGCTTTACCCTACGCCATGCCGGTGATGCCGCCAGACTGCGAGAAGTTCTGCAGCCCGAACGGTCAGTCGTGATTATCGGTGCCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTGCCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTG > CP009273/2665623‑2665921 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |