| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,738,750 | T→G | 5.5% | V176V (GTA→GTC) | rimM ← | 16S rRNA processing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,738,750 | 0 | T | G | 5.5% | 813.8 / 34.2 | 265 | V176V (GTA→GTC) | rimM | 16S rRNA processing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (121/128); new base G (3/12); total (125/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TGCTCAGCAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTGAGATCGACTTTCTTGATAACCTGCCCATCGAGGAACGGTACGAGACGTTCCTTGATACCAAACGCATCTTTCAGGTTTGCCTTAATGACGAGAACGTCATTAGATCCGGTTTCCATCATATCGACGAC > CP009273/2738602‑2738899 | cTCAGAAGGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGAGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACt < 2:630189/150‑1 (MQ=255) cagcagGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTc < 2:4078004/150‑1 (MQ=255) agGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGAtt < 1:1304207/150‑1 (MQ=255) agGCCATTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATAGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGAtt < 1:2943171/150‑1 (MQ=255) gCCATTTTTAACTGCCCTGCCAGTTACCCCGTAATCTGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGTCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCAGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGa < 1:626894/150‑1 (MQ=255) aTTTTTAACTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACg < 1:1685267/150‑1 (MQ=255) ttAACTGCCCGGCCAGATACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGagta < 2:1802149/150‑1 (MQ=255) aCTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTg < 2:2591579/150‑1 (MQ=255) cTGCCCGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAATCCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTga > 1:403773/1‑150 (MQ=255) cccGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTGAGAt < 1:3023799/150‑1 (MQ=255) ccGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTGAGATc > 2:3597010/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTGAGATCg > 1:2617640/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTGAGATCg > 2:1743041/1‑150 (MQ=255) gCCAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTGAGATCGAc > 1:2826631/1‑150 (MQ=255) cAGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTGAGATCGACtt < 1:504189/150‑1 (MQ=255) aGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTGAGATCGACttt > 2:4019526/1‑150 (MQ=255) aGTTACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTGAGATCGACttt > 2:4385790/1‑150 (MQ=255) ttACCCCGTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTGAGATCGACTTTCt > 1:3354042/1‑150 (MQ=255) 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gTAATCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTGAGATCGACTTTCTTGATAAc > 1:1522603/1‑150 (MQ=255) gTAATCGGTAATTGCGCGGAACATATCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCGACTTCGATTGAACGAGTAGTGAGATCGACTTTCTTGATAAc > 1:4099163/1‑150 (MQ=255) aaTCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTTTGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTTCCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCACAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTGAGATCGACTTTCTTGATAACCt < 1:2381149/150‑1 (MQ=255) aTCGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTGAGATCGACTTTCTTGATAACCTg > 2:1587128/1‑150 (MQ=255) cGGTAATTGCGCGGAACATTTCAGGAAACAGGCTAATTATGCCAATCCACATAGCGCCGTCTTTTACCGTTTATCCGGTGGTTTAAAAACCAGGATCCCAATCTACTTCGATTGAACGAGTAGTGAGATCGACTTTCTTGATAACCTGcc < 2:1461018/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |