Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,767,911 | T→A | 7.0% | V412D (GTC→GAC) | yfjW → | CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,767,911 | 0 | T | A | 7.0% | 884.9 / 41.8 | 268 | V412D (GTC→GAC) | yfjW | CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (134/114); new base A (10/9); total (144/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
AAATGATAAAAAATATAAAATTGAAAATCATGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACA > CP009273/2767762‑2768059 | aaTGATAAAAAATATAAAATTGAAAATCATGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTc > 2:1789179/1‑150 (MQ=255) aTAAAAAATATAAAATTGAAAATCATGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTaa > 1:3268069/1‑150 (MQ=255) aTAAAAAATATAAAATTGAAAATCATGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTaa > 2:4016375/1‑150 (MQ=255) 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tACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGaaaa > 1:2862954/1‑150 (MQ=255) aCTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAAt > 2:1373516/1‑150 (MQ=255) aCTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAAt < 1:1020756/150‑1 (MQ=255) aCTTAACGGGTTTTTTACTTGACCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAAt > 2:1502082/1‑150 (MQ=255) tatcGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTAt > 2:1927347/4‑150 (MQ=255) tAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTAt > 2:3051810/1‑150 (MQ=255) tAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTAt > 1:4594174/1‑150 (MQ=255) aaCGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATc > 2:1119061/1‑150 (MQ=255) aCGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCt > 2:2669312/1‑150 (MQ=255) ttACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTgaga > 2:2923806/1‑150 (MQ=255) aCTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGc > 2:959009/1‑150 (MQ=255) gTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACa < 1:905157/150‑1 (MQ=255) | AAATGATAAAAAATATAAAATTGAAAATCATGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACA > CP009273/2767762‑2768059 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |