| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 230,579 | C→T | 100% | E231K (GAA→AAA) | gloB ← | hydroxyacylglutathione hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 230,579 | 0 | C | T | 96.2% | 908.6 / 17.4 | 260 | E231K (GAA→AAA) | gloB | hydroxyacylglutathione hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/4); new base T (118/132); total (124/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGATAATAATCATTTATGGACAAAT > CP009273/230433‑230725 | ttGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTtttttc < 1:1229886/150‑1 (MQ=255)ttGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTtttttc > 1:96795/1‑150 (MQ=255)ttGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTtttttc > 1:2492122/1‑150 (MQ=255) cTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcatta > 1:4562120/1‑150 (MQ=255) cTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcatta < 2:1653161/150‑1 (MQ=255) cTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcatta > 2:1360839/1‑150 (MQ=255) ttCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaa < 1:1663475/150‑1 (MQ=255) tCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaat < 1:313687/150‑1 (MQ=255) tCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaat > 2:2271775/1‑150 (MQ=255) cATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGCTCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCATTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaatt < 2:3912062/150‑1 (MQ=255) cATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaatt < 1:2055096/150‑1 (MQ=255) cATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaatt < 1:2651459/150‑1 (MQ=255) tgtCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTcattaattacattaat > 1:3398441/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |