Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,799,737 | C→A | 48.1% | V123V (GTC→GTA) | proW → | glycine betaine transporter subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,799,737 | 0 | C | A | 48.1% | 164.7 / inf | 276 | V123V (GTC→GTA) | proW | glycine betaine transporter subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/75); new base A (64/69); total (132/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
TGGGTCGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAA > CP009273/2799588‑2799885 | tGGGTCGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTc < 1:2541002/150‑1 (MQ=255) cGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAAt < 2:2041722/150‑1 (MQ=255) cGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAAt > 1:86904/1‑150 (MQ=255) cGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAAt < 1:936379/150‑1 (MQ=255) gTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGACTg > 2:2940370/1‑150 (MQ=255) gTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATg > 1:1167608/1‑150 (MQ=255) tACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATggg < 1:2673606/150‑1 (MQ=255) cATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCAGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGtgtg < 2:1570736/150‑1 (MQ=255) tCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGa > 1:3896840/1‑150 (MQ=255) ccgtcccgtcTTCCATGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCATCGGTTTCCAGCTATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGATTGGGTGTGGCGAc < 1:3854646/150‑1 (MQ=255) ccgtcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGAc < 1:897970/150‑1 (MQ=255) ccgtcccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGAc < 1:2591496/150‑1 (MQ=255) cccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTg < 2:3845312/150‑1 (MQ=255) cccgtcTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTg < 1:1403099/150‑1 (MQ=255) cTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTc < 2:4257043/150‑1 (MQ=255) cTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTc < 1:49780/150‑1 (MQ=255) cTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTc < 1:2956843/150‑1 (MQ=255) cTTACAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCTGCAATTGCTGCTGGTTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATAGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTc < 1:1787995/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCt > 1:4188270/1‑150 (MQ=255) cAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATTGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTg > 2:4007827/1‑150 (MQ=255) cAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTg > 1:3275114/1‑150 (MQ=255) aGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGa > 1:329740/1‑150 (MQ=255) aGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGa > 2:3457532/1‑150 (MQ=255) 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gcgTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCg < 2:6349/150‑1 (MQ=255) gTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGgc > 1:1495517/1‑150 (MQ=255) ttCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGgcg > 1:313968/1‑150 (MQ=255) tCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATTGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGgcgc > 2:899355/1‑150 (MQ=255) ccGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCa > 2:3913500/1‑150 (MQ=255) 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ccTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTc > 1:317784/1‑150 (MQ=255) cAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCa > 1:3081118/1‑150 (MQ=255) cAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCa > 2:4291735/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCACTCGGTGCCTGGTCGCAg > 1:2825653/1‑150 (MQ=255) aaCGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAg > 1:2766048/1‑150 (MQ=255) 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gTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCaa > 1:3522369/1‑150 (MQ=255) gTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCaa > 1:3760956/1‑150 (MQ=255) gTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCaa < 1:393797/150‑1 (MQ=255) tttCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAAt > 2:3685656/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATg < 1:60737/150‑1 (MQ=255) 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tATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGtt > 2:3748137/1‑150 (MQ=255) tATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGtt < 1:7390/150‑1 (MQ=255) tGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTaa > 2:4154213/1‑150 (MQ=255) ccGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCg < 2:2082067/150‑1 (MQ=255) tGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGt > 2:3891985/1‑150 (MQ=255) 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cGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCgg < 1:105057/150‑1 (MQ=255) cGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCgg > 1:4525320/1‑150 (MQ=255) ctctCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGtt < 1:227865/150‑1 (MQ=255) tctcATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGttt < 1:1057935/150‑1 (MQ=255) tctcATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGttt < 2:46442/150‑1 (MQ=255) 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aGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTACTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGatat < 1:1692865/150‑1 (MQ=255) gATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGTCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtg < 2:4415743/150‑1 (MQ=255) gATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtg > 2:1639993/1‑150 (MQ=255) aTTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGATTGCCGTTGGGGATAtgg > 2:2420249/1‑150 (MQ=255) ttCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtggct < 1:3677022/150‑1 (MQ=255) ttCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtggct < 2:3220309/150‑1 (MQ=255) gggTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCga < 1:388233/150‑1 (MQ=255) | TGGGTCGTTACCCATTTCCGTCCCGTCTTCCAGGGCGTGCGCGTTCCGGTTGATTATATCCTCAACGGTTTCCAGCAATTGCTGCTGGGTATGCCCGCACCGGTGGCGATTATCGTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAA > CP009273/2799588‑2799885 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |