| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,970,703 | C→A | 7.8% | A249E (GCG→GAG) | galR → | galactose‑inducible d‑galactose regulon transcriptional repressor; autorepressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,970,703 | 0 | C | A | 7.8% | 994.5 / 35.7 | 262 | A249E (GCG→GAG) | galR | galactose‑inducible d‑galactose regulon transcriptional repressor; autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (149/92); new base A (8/13); total (157/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.86e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
CGATGCCCTTGCTGAAAGTGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGCGATGGGCGTTCTCAATGATAATGGTATTGATGTACCGGGTGAGATTTCGTTAATTGGCTTTGATGATGTGCTGGTGTCACGCTATGTGCGTCCGCGCCTGACCACCGTGCGTTACCCAATCGTGACGATGGCGACCCAGG > CP009273/2970554‑2970852 | cGATGCCCTTGCTGAAAGTGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATggc < 2:4230664/150‑1 (MQ=255)cGATGCCCTTGCTGAAAGTGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATggc > 1:4592357/1‑150 (MQ=255) gATGCCCTTGCTGAAAGTGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATggcg > 1:1605025/1‑150 (MQ=255) aTGCCCTTGCTGAAAGTGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATggcgg < 2:2992674/150‑1 (MQ=255) ccTTGCTGAAAGTGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCggg > 2:453131/1‑150 (MQ=255) ccTTGCTGAAAGTGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCggg > 1:981343/1‑150 (MQ=255) cTTGCTGAAAGTGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGt < 2:947187/150‑1 (MQ=255) tGCTGAAAGTGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGc < 1:581196/150‑1 (MQ=255) tGCTGAAAGTGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGc > 1:3057553/1‑150 (MQ=255) cTGAAAGTGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGCGa < 2:3141150/150‑1 (MQ=255) tGAAAGTGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGCGAt < 1:2623192/150‑1 (MQ=255) aaaGTGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGAGGCGGGTGCGATgg < 1:1473970/150‑1 (MQ=255) tGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGCGATGGGCGt > 2:593327/1‑150 (MQ=255) tGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGCGATGGGCGt > 2:3068905/1‑150 (MQ=255) gTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGCGATGGGCGTtc < 2:2711746/150‑1 (MQ=255) tGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGCGATGGGCGTTCTCaa > 2:3512645/1‑150 (MQ=255) gCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGAGGCGGGTGCGATGGGCGTTCTCAAt < 1:2274154/150‑1 (MQ=255) aTGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGCGATGGGCGTTCTCAATGATAATg < 2:3463404/150‑1 (MQ=255) cTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGCGATGGGCGTTCTCAATGATAATGGTATTGAt < 2:2305085/150‑1 (MQ=255) tGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGCGATGGGCGTTCTCAATGATAATGGTATTGATg < 1:3450904/150‑1 (MQ=255) ggTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGCGATGGGCGTTCTCAATGATAATGGTATTGATGt > 1:4336077/1‑150 (MQ=255) ggTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGCGATGGGCGTTCTCAATGATAATGGTATTGATGt > 2:1129466/1‑150 (MQ=255) tGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGCGATGGGCGTTCTCAATGATAATGGTATTGATGTAc < 1:4141222/150‑1 (MQ=255) 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gcggcgGGTGCGATGGGCGTTCTCAATGATAATGGTATTGATGTACCGGGTGAGATTTCGTTAATTGGCTTTGATGATGTGCTGGTGTCACGCTATGTGCGTCCGCGCCTGACCACCGTGCGTTACCCAATCGTGACGATGGCGACCCAg > 1:2264708/1‑150 (MQ=255) cggcggGTGCGATGGGCGTTCTCAATGATAATGGTATTGATGTACCGGGTGAGATTTCGTTAATTGGCTTTGATGATGTGCTGGTGTCACGCTATGTGCGTCCGCGCCTGACCACCGTGCGTTACCCAATCGTGACGATGGCGACCCAgg < 1:1343633/150‑1 (MQ=255) | CGATGCCCTTGCTGAAAGTGGTATTGCGGCCAATGACCGGCTGGTGACATTTGGCGAACCAGACGAAAGCGGCGGCGAACAGGCAATGACCGAGCTTTTGGGACGAGGAAGAAATTTCACTGCGGTAGCCTGTTATAACGATTCAATGGCGGCGGGTGCGATGGGCGTTCTCAATGATAATGGTATTGATGTACCGGGTGAGATTTCGTTAATTGGCTTTGATGATGTGCTGGTGTCACGCTATGTGCGTCCGCGCCTGACCACCGTGCGTTACCCAATCGTGACGATGGCGACCCAGG > CP009273/2970554‑2970852 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |