| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,978,850 | C→A | 54.4% | V34V (GTG→GTT) | yqeF ← | short chain acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,978,850 | 0 | C | A | 54.4% | 20.7 / inf | 237 | V34V (GTG→GTT) | yqeF | short chain acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/36); new base A (81/48); total (153/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
TAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTA > CP009273/2978702‑2978999 | tAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCa < 1:2933746/150‑1 (MQ=255) aGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTAAc < 1:3031465/150‑1 (MQ=255) gTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACg > 2:1696198/1‑150 (MQ=255) 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accTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCACGTTCCACGGCGGAATg > 1:724161/1‑150 (MQ=255) tttAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGAcc < 2:2933531/150‑1 (MQ=255) ttAATAGCCGTTTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGATTTACTTAATACACCGCATATGCAGGTACGCCGGTACTTTCTATTAACGATTTAACGACCAGAATACCAAGTTCCAAGGCGGAATGAcac < 2:2410695/150‑3 (MQ=255) aaTAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGc > 1:3136778/1‑150 (MQ=255) aTAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCt > 2:796917/1‑150 (MQ=255) 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cTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTaaa > 2:578635/1‑150 (MQ=255) aTTAACGCTTTAACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATg > 2:3732096/1‑150 (MQ=255) tAACGCTTTAACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTACATGAt > 2:344396/1‑150 (MQ=255) tAACGCTTTAACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGAt > 2:3310974/1‑150 (MQ=255) tAACGCTTTAACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGAt < 2:3684622/150‑1 (MQ=255) 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tCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAAtt > 1:4030346/1‑150 (MQ=255) cACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTa < 2:1271106/150‑1 (MQ=255) | TAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTA > CP009273/2978702‑2978999 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |