Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,987,928 | C→A | 19.3% | pseudogene (524/633 nt) | ygeK ← | pseudogene; putative 2‑component transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,987,928 | 0 | C | A | 19.3% | 713.9 / 115.5 | 249 | pseudogene (524/633 nt) | ygeK | pseudogene; putative 2‑component transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (98/103); new base A (22/26); total (120/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
CGTAAGGCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGT > CP009273/2987780‑2988076 | cGTAAGGCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCt > 1:4309696/1‑150 (MQ=255) gTAAGGCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCtt > 1:1007974/1‑150 (MQ=255) tAAGGCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTa > 1:3401640/1‑150 (MQ=255) 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aaaaTGAGCCTACAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTTAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGATCATCTAATTTCTTCATGTTATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGACAt < 1:3142474/150‑1 (MQ=255) aaaaTGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAAt < 1:2612669/150‑1 (MQ=255) aaaaTGAGCCTAAACCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAAt < 1:493717/150‑1 (MQ=255) aaTGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTa < 2:4320364/150‑1 (MQ=255) cTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTTAAAGAAATTAGCGAttt > 1:1753905/1‑150 (MQ=255) 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tctTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCtttgttt < 2:1302348/150‑1 (MQ=255) ttttttttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTttgtttgt < 1:209329/150‑1 (MQ=255) ttttttATATAGTGCAAACACCCATCCGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTgtttgttt < 2:3140644/150‑1 (MQ=255) ttttttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTgtttgttt < 1:801279/150‑1 (MQ=255) tttttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGtttt > 1:2704432/1‑150 (MQ=255) tttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTAc < 1:3791978/150‑1 (MQ=255) ttATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTAcc > 2:525140/1‑150 (MQ=255) atataGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCAt > 2:1994059/1‑150 (MQ=255) aGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGc > 2:843263/1‑150 (MQ=255) cAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATg > 1:1536640/1‑150 (MQ=255) 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tatTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATAtttttt > 1:4350013/1‑150 (MQ=255) atTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTc < 2:3312695/150‑1 (MQ=255) ttGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTca > 2:4123506/1‑150 (MQ=255) tGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTcac < 2:303875/150‑1 (MQ=255) tGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGATTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTcac > 2:657904/1‑150 (MQ=255) 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aCTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTa < 2:4564831/150‑1 (MQ=255) aCTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTa > 1:672113/1‑150 (MQ=255) gTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCa < 1:1255325/150‑1 (MQ=255) gTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCa < 1:4284904/150‑1 (MQ=255) gTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCa > 1:3421602/1‑150 (MQ=255) tCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAAt > 2:4636752/1‑150 (MQ=255) ccTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATa < 2:2651216/150‑1 (MQ=255) | CGTAAGGCTTCAGCAAAATGAGCCTAAAGCCTCTTTTTTTTATATAGTGCAAACACCCATACGTAAAGCTGTTTTGATCAACTCGATACCACTGTGAACATCTAATTTCTTCATGATATTGAGTCTATGAGTTTCGACTGTTTTCCTGCTTAACTGCAAGAAATTAGCGATTTCTTTGTTTGTTTTACCATCAGCTATGAGTTGTAATATTTCTGACTCACGATTTGTAAGTTGATTATCAGAGGAATACCTGGAAGATATTTTTTCACAATCCATATGTACACTATCAAAATAAGT > CP009273/2987780‑2988076 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |