| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 253,769 | C→T | 13.1% | V252V (GTC→GTT) | frsA → | fermentation‑respiration switch protein; PTS Enzyme IIA(Glc)‑binding protein; pNP‑butyrate esterase activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 253,769 | 0 | C | T | 13.1% | 910.3 / 98.0 | 305 | V252V (GTC→GTT) | frsA | fermentation‑respiration switch protein; PTS Enzyme IIA(Glc)‑binding protein; pNP‑butyrate esterase activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (126/138); new base T (27/13); total (153/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.66e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
CTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCGTCTGGCATACCTTGAATCGCCGCGTCTGAAAGCGGTTGCCTGTCTTGGTCCGGTAGTTCATAC > CP009273/253620‑253918 | cTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTc > 1:2131417/1‑150 (MQ=255)cTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTc > 1:3508915/1‑150 (MQ=255) tGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCt > 2:3688822/1‑150 (MQ=255) tGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACGATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCt > 1:3075672/1‑150 (MQ=255) ggATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCtt < 1:205713/150‑1 (MQ=255) atgcgatgcAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTaa > 2:4561826/1‑150 (MQ=255) tgcgatgcAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTaaa < 1:4016058/150‑1 (MQ=255) tgcAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGgcgc > 2:360499/1‑150 (MQ=255) 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cTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGt < 2:1599584/150‑1 (MQ=255) tATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTa > 1:3328128/1‑150 (MQ=255) tATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTa > 2:3022064/1‑150 (MQ=255) ttACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTAcc < 1:2202957/150‑1 (MQ=255) aCAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTTTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCgt > 2:4621711/1‑150 (MQ=255) aGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTTTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCgtgg < 1:3024854/150‑1 (MQ=255) aGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTCCAACAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCgtgg > 2:4346250/1‑150 (MQ=255) ccTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCgtgggt < 1:4115591/150‑1 (MQ=255) cTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCgtgggtg > 2:574457/1‑150 (MQ=255) gTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGa < 1:4156051/150‑1 (MQ=255) gTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGa < 1:4155878/150‑1 (MQ=255) tGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGTTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGAATCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATca < 2:2247175/150‑1 (MQ=255) tGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTTTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATca > 1:3144990/1‑150 (MQ=255) aaCGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATcaca < 1:1587762/150‑1 (MQ=255) aCGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCacac > 1:2771712/1‑150 (MQ=255) 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tttGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACtcgcgtc < 2:594259/150‑1 (MQ=255) cgccgcGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTTTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCgg > 1:994907/1‑150 (MQ=255) gccgcGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGc < 1:142628/150‑1 (MQ=255) gccgcGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGc > 1:2959741/1‑150 (MQ=255) cgcgGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCttt < 2:1704458/150‑1 (MQ=255) gcgGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTg > 1:1783398/1‑150 (MQ=255) gCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGtt < 1:3741650/150‑1 (MQ=255) aTTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTc > 1:1439677/1‑150 (MQ=255) aTTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTc > 2:1413098/1‑150 (MQ=255) ttGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTTTTAAAGGCGCTGCCTACCGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTcc < 1:2236150/150‑1 (MQ=255) 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cTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCGTCTGGCATACCTTGAATCGCCGCGTCTGAAAGCGGTTGCCTGTCTTGGTCCGGTAGTTCATAc < 1:12922/150‑1 (MQ=255) cTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCGTCTGGCATACCTTGAATCGCCGCGTCTGAAAGCGGTTGCCTGTCTTGGTCCGGTAGTTCATAc < 2:3495831/150‑1 (MQ=255) | CTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCGTCTGGCATACCTTGAATCGCCGCGTCTGAAAGCGGTTGCCTGTCTTGGTCCGGTAGTTCATAC > CP009273/253620‑253918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |