| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,072,841 | C→T | 6.3% | intergenic (‑152/+162) | cmtB ← / ← tktA | putative mannitol‑specific enzyme IIA component of PTS/transketolase 1, thiamine triphosphate‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,072,841 | 0 | C | T | 6.3% | 897.9 / 30.6 | 253 | intergenic (‑152/+162) | cmtB/tktA | putative mannitol‑specific enzyme IIA component of PTS/transketolase 1, thiamine triphosphate‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (115/121); new base T (12/4); total (128/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
ATTATCCTTATTTTATTTTTAGGGTACCGTCCGGCGGTAAAAATAAAATACTCGTGCGGTTTAATGAAAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTTATCTATTGCTTGTCCGCAAACGGACATATCAAGGTAATAAAAAAGGTCGCCGAAGCGACCTTTTTAC > CP009273/3072692‑3072990 | aTTATACTTATTTTATTTTTAGGGTACCGTCCGGCGGTAAAAATAAAATACTCGTGCGGTTTAATGAAAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATaacaac < 1:222019/150‑1 (MQ=255) ttATCCTTATTTTATTTTTAGGGTACCGTCCGGCGGTAAAAATAAAATACTCGTGCGGTTTAATGAAAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAacaaca > 2:1000535/1‑150 (MQ=255) tCCTTATTTTATTTTTAGGGTACCGTCCGGCGGTAAAAATAAAATACTCGTGCGGTTTAATGAAAGCAATTGAGCAGGGAAACCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAATAAAt < 1:3558703/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |