| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,121,242 | C→A | 16.0% | D47Y (GAC→TAC) | glcD ← | glycolate oxidase subunit, FAD‑linked |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,121,242 | 0 | C | A | 16.0% | 878.7 / 101.3 | 275 | D47Y (GAC→TAC) | glcD | glycolate oxidase subunit, FAD‑linked |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (117/114); new base A (23/21); total (140/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
CAGCGCGCCACCAGAAAGCCCGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGGGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTC > CP009273/3121093‑3121391 | cgcCACCAGAAAGCCCGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGACAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACt < 1:1025481/150‑1 (MQ=255) gcCACCAGAAAGCCCGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTc > 1:3463942/1‑150 (MQ=255) caGAAAGCCCGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAg < 1:3284713/150‑1 (MQ=255) 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aaaGCCCGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGGAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTAACACTCGTAAGGaa > 1:473557/1‑150 (MQ=255) aaGCCCGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAAt < 2:2888262/150‑1 (MQ=255) aGCCCGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGACTCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGAGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATg < 2:1631378/150‑1 (MQ=255) gCCCGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGa > 1:1059896/1‑150 (MQ=255) ccGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGAtc < 1:1426928/150‑1 (MQ=255) 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cGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTTTGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCTCGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGGGTATAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGc < 1:2398951/150‑1 (MQ=255) cacaCTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGGGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTc > 1:3386150/1‑150 (MQ=255) | CAGCGCGCCACCAGAAAGCCCGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGGGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTC > CP009273/3121093‑3121391 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |