| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,149,310 | C→A | 32.7% | T199T (ACC→ACA) | yqhD → | aldehyde reductase, NADPH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,149,310 | 0 | C | A | 32.7% | 457.0 / 213.6 | 249 | T199T (ACC→ACA) | yqhD | aldehyde reductase, NADPH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (76/91); new base A (45/36); total (121/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
GCGGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGTTGATGCCAAAATTCAGGACCGTTTCGCAGAAGGCATTTTGCTGACGCTAATCGAAGATGGTCCGAAAGCCCTGAAAGAGCCAGAAAACTACGATGTGCGCGCCAACGTCATGTGGGCGGCGA > CP009273/3149161‑3149458 | cgGTGATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCg > 2:343358/1‑150 (MQ=255) gATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGa < 2:1647508/150‑1 (MQ=255) gATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGa > 2:3659340/1‑150 (MQ=255) gATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGa < 2:2255048/150‑1 (MQ=255) gATCTCCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGa < 2:4155130/150‑1 (MQ=255) tctcCCGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAAc < 1:2547198/150‑1 (MQ=255) ccGTAAAACCACAGGCGACAAGCAGGCGTTACATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTa < 2:1315835/150‑1 (MQ=255) cacaGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCaa > 2:1275115/1‑150 (MQ=255) cacaGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACAACGTGGAACAGTATGTTACCaa < 1:3806510/150‑1 (MQ=255) cacaGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACAACGTGGAACAGTATGTTACCaa < 1:4390686/150‑1 (MQ=255) acaGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACCGTGGAACAGTATGTTACCaaa > 1:643432/1‑150 (MQ=255) caGGCGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAAc > 1:2795937/1‑150 (MQ=255) cGACAAGCAGGCGTTCCATTCTGCCCATGTTCAGCCGGTATTTGCCGTGCTCGATCCGGTTTATACCTACACCCTGCCGCCGCGTCAGGTGGCTAACGGCGTAGTGGACGCCTTTGTACACACAGTGGAACAGTATGTTACCAAACCGGt < 1:1810167/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |