| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 2463988 | 181 (0.680) | 3 (0.010) | 3/278 | NT | 1.6% | intergenic (+47/‑306) | gtrS/tfaS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage/pseudogene, CPS‑53 (KpLE1) prophage; tail fiber assembly protein fragment;Phage or Prophage Related |
| ? | CP009273 | = 2991050 | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGCATCATTGCCCACAACAAACCCCCTCCA > CP009273/2463840‑2464137 | ggAATGTATTTTTCGTTCGACATTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAAcc < 1:2377016/150‑1 (MQ=255) gAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCt < 2:3279629/150‑1 (MQ=255) gAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCt < 2:230536/150‑1 (MQ=255) aaTGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATAAAAATAAAAC‑AAGAAAAAAGCGATGTAAAGCAAAAATTTTAAATTTCGAGCCAATCAAGGCGCGCCCAAACAATAATTCCAACCTa > 1:1529196/1‑150 (MQ=255) tGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAt < 2:2137357/150‑1 (MQ=255) gTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAAtt < 2:4236898/150‑1 (MQ=255) tATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATA‑AAGACAATATCGATGTAAATCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATTGCGCGCACAAGCTATAATAACAACCTAAttt > 2:4191687/1‑150 (MQ=255) tATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAAAAATTAAAATAAAAA‑AAGACAAAAGCGAAGTAAAGCACAAAGTTTAAATTTCGCGCCAATCAAGGCGCGCCCAAACAAAAATAAAAACCAAAatt > 1:3862357/1‑150 (MQ=255) aTTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACAAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACaagactgg > 2:1493384‑M1/1‑142 (MQ=255) gttcgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAAAC‑AAGACAATAGCGATGTTAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAAACAAGGCGCGCACAAGCAATAATACCAACCTAATTTcacctcct > 2:3460759/1‑150 (MQ=255) gttcgAACTTTGATTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTctcctcct < 2:4022506/150‑1 (MQ=255) cgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCtt < 2:1572723/150‑1 (MQ=255) cgACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTAAAATAAATA‑AAGACAAAAGCGATGTAAATCACTAAGTTTAAATTTCGCGCCACTCAATGCGCGCCCAAGCGATAATAACAACCGAATTTATCCACCGCtt > 1:324780/1‑150 (MQ=255) 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tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataa < 1:3636288‑M1/150‑47 (MQ=255) tttttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTg < 1:2057375/150‑1 (MQ=255) tttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCg < 2:2487355/150‑1 (MQ=255) tttAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCg < 1:1066124/150‑1 (MQ=255) tAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGt > 1:674707/1‑150 (MQ=255) 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tGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGcat > 1:4358158/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGcatc < 1:2275258/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGcatc < 1:2853762/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGcatc < 1:872688/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGcatc < 1:3896823/150‑1 (MQ=255) gcACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGCATCATTGc > 1:4036223/1‑150 (MQ=255) caAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGCATCATTGCCca > 2:4370727/1‑150 (MQ=255) caAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGCATCATTGCCca < 1:471176/150‑1 (MQ=255) aaGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGCATCATTGCCcac < 1:4158786/150‑1 (MQ=255) aGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGCATCATTGCCcaca > 2:2997748/1‑150 (MQ=255) gCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGCATCATTGCCCacaa < 2:3818631/150‑1 (MQ=255) cTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGCATCATTGCCCacaac < 1:1730733/150‑1 (MQ=255) tataATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGCATCATTGCCCacaaca < 2:3932504/150‑1 (MQ=255) ataCCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGCATCATTGCCCACAACAAAcc > 2:657147/1‑150 (MQ=255) taCCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGCATCATTGCCCACAACAAAccc < 1:1450518/150‑1 (MQ=255) caccaccCTACTTTCCCCACCTCCCCGAGTGACGATATCCCCCGCTAGCAGTGCGGTATTGACTCTCAACTGCCCAGATTCGTTGTTTATCGTCATATCTCCTCGAACAGCAGACGATAACTTAAATGCATCATTGCCCACAACACAccc < 2:2413133/149‑1 (MQ=255) aaCCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGCATCATTGCCCACAACAAACCCCCTc > 2:2168280/1‑150 (MQ=255) aCtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagatc < 2:3395844‑M1/150‑149 (MQ=255) aCtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagatc < 2:778757‑M1/150‑149 (MQ=255) aCtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagatc < 2:1306090‑M1/150‑149 (MQ=255) aCCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGCATCATTGCCCACAACAAACCCCCTcc < 2:4482686/150‑1 (MQ=255) ctagactggccccattaatatcaagacaaccaatataacttaattaagttttagtctttatactagtttttagactagtcattggagaactgatgattgatgtcttagggccggagaatcgcagacggagtaccacacaggaaaatatcg < 2:2197516‑M1/150‑150 (MQ=255) | GGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATC‑AAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATGCATCATTGCCCACAACAAACCCCCTCCA > CP009273/2463840‑2464137 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |