| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 291,453 | A→T | 9.2% | L452* (TTA→TAA) | intF ← | CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 291,453 | 0 | A | T | 9.2% | 752.0 / 51.5 | 234 | L452* (TTA→TAA) | intF | CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (139/73); new base T (16/6); total (155/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
GTGTAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCATGTCTCAATTTTCTCGTGCCATTTTCGTAACAGATCTAACGGACGACGGCGATAGTGTTTTTCGGCAAGAGCGCTGGGTTTGTGTCCCATAATTTGAGCAACAATACCAGTGGGAACTTCAACCCACTCGGCCAAAGTACC > CP009273/291304‑291601 | gtgtAGTTGCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTa < 1:3444875/150‑1 (MQ=255) gCTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTAATGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACCTGCTTCATTTAAGATCCAt < 2:2659161/150‑1 (MQ=255) cTGTATCATTGACTAAACTGTGTATTACGATACATGAAAATCTATCTTGATCAATAGTTGATGATATTTTGTAATATGTTGATTTTTATTGGAATCAACGCATATCAACGTTGTTTTTTATGGTAATACATGCTTCATTTAAGATCCATg > 2:4475585/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |