| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,368,168 | C→T | 11.6% | intergenic (‑320/‑60) | nanR ← / → dcuD | transcriptional repressor of the nan operon, induced by sialic acid/putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,368,168 | 0 | C | T | 11.6% | 814.8 / 69.8 | 259 | intergenic (‑320/‑60) | nanR/dcuD | transcriptional repressor of the nan operon, induced by sialic acid/putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (116/113); new base T (16/14); total (132/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TTATAAGACTATTCACGAGCATTATGAATATTATGAATGTGTTCTTACAAAATAATCATAAGCGCATATTTTTTAATGAAAAATCACCTCACCTACAATTAAAAACACGACATCCGCACCATAAATAGCCTTGCAAAAAATATAACATCGTTGTTTTCAATCTGCCGTTTATGGGATTGACCGTTTTCTTTTGACACGGAGTTCAACAATGTTCGGCATAATTATATCTGTCATCGTATTAATTACGATGGGCTATTTGATCCTGAAAAACTACAAACCTCAGGTGGTGCTGGCTGC > CP009273/3368020‑3368316 | ttatAAGACTATTCACGAGCATTATGAATATTATGAATGTGTTCTTACAAAATAATCATAAGCGCATATTTTTTAATGAAAAATCACCTCACCTACAATTAAAAACACGACATCCGCACCATAAATAGCCTTGCAAAAAATATAACATCg < 1:2168778/150‑1 (MQ=255) gACTATTCACGAGCATTATGAATATTATGAATGTGTTCTTACAAAATAATCATAAGCGCATATTTTTTAATGAAAAATCACCTCACCTACAATTAAAAACACGACATCCGCACCATAAATAGCCTTGCAAAAAATATAACATCGTTGttt < 1:1494215/150‑1 (MQ=255) gACTATTCACGAGCATTATGAATATTATGAATGTGTTCTTACAAAATAATCATAAGCGCATATTTTTTAATGAAAAATCACCTCACCTACAATTAAAAACACGACATCCGCACCATAAATAGCCTTGCAAAAAATATAACATCGTTGttt < 1:1342890/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |