| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,385,662 | C→G | 8.0% | intergenic (‑275/+155) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,385,662 | 0 | C | G | 8.0% | 799.6 / 16.7 | 269 | intergenic (‑275/+155) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (136/102); new base G (2/21); total (145/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.85e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
ATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCG > CP009273/3385513‑3385811 | aGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGtt < 2:2927418/150‑1 (MQ=40) aGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CAGtt > 1:4201593/1‑150 (MQ=38) aGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCGTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGtt > 2:1156860/1‑150 (MQ=38) 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ggATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATaa > 1:2489827/1‑150 (MQ=255) ggATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGGTTGTAGGCCTGATaa > 1:4046765/1‑150 (MQ=255) tGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGAc < 2:3048115/150‑1 (MQ=255) cggcgTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGc > 1:1885444/1‑150 (MQ=255) ggcgTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGca < 1:3852725/150‑1 (MQ=255) aaaCGCCTTATCCGACCTACGTTTATTTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCg < 2:2863035/150‑1 (MQ=255) aaaCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCg > 2:2604765/1‑150 (MQ=255) aaaCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCg > 2:2125568/1‑150 (MQ=255) actcattATCAGACCTACGTTTTTGTTCCGTTTTTAGGCCTGATAAGACGCAAAGCTTCGAATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc < 2:1352137/145‑1 (MQ=14) aCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTGATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTATGTAGGCCTGATCAGACCCACAGCCTc > 2:136907/1‑150 (MQ=14) 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cGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCa > 1:795943/1‑150 (MQ=38) ccTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACg < 2:4072183/150‑1 (MQ=35) tACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGc > 2:4272816/1‑150 (MQ=35) agggTTTTGTTCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCt < 1:3387346/148‑1 (MQ=255) aCGGTTTTGTACCGTTTGACGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCt < 2:152629/150‑1 (MQ=255) gTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGcc > 2:2933833/1‑150 (MQ=35) ttATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCg > 1:4021773/1‑150 (MQ=35) tGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGAt > 1:2241725/1‑150 (MQ=35) gTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATg > 1:1627322/1‑150 (MQ=35) ttCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACTGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATgc > 1:3907596/1‑150 (MQ=25) 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taaaaCGCCTTCCCCGACCTAGGTTTATGTA‑CCTTTTGTCGGCGTTATCAGCCGCCCCCGGCCGAACCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTa < 1:1156851/148‑1 (MQ=17) aaaCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATc > 1:2913978/1‑150 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATcc > 2:348070/1‑150 (MQ=255) cGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTa > 1:1088526/1‑150 (MQ=255) cGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTa > 1:2317389/1‑150 (MQ=255) ccTTATCCGACCTCCGTTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATg < 2:3179070/150‑1 (MQ=255) ccTTATCCGACCTACGTTTATGTT‑CGGTTTGTTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATg < 2:3547905/150‑1 (MQ=255) aTCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGAt > 1:197988/1‑150 (MQ=255) aTCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGAt < 2:245879/150‑1 (MQ=255) aTCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGAt > 1:1522196/1‑150 (MQ=255) cgtaCCTTCGGTTATGTT‑CTGTTGGTAGGCCTGTTTTGTCGCAGGGCGTCGAATCAGTCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGTCCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTg < 1:685211/147‑1 (MQ=21) ccGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTg < 1:4151618/150‑1 (MQ=255) cGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTgg > 2:2689780/1‑150 (MQ=255) aCCTACGTTTTTGTT‑CCGTTTGTCGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTgggg < 1:180714/150‑1 (MQ=255) ccTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGc > 1:835745/1‑150 (MQ=255) cTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCa > 2:122495/1‑150 (MQ=255) tACGGTTATTTT‑CGGTTTGTAGGCCGGATATGACCCCCTGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCaa < 1:3283822/150‑1 (MQ=21) tACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCaa > 2:3241526/1‑150 (MQ=255) ggTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTa < 1:1345122/150‑1 (MQ=255) ttATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTAcg > 2:3357709/1‑150 (MQ=255) t‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCt > 2:4509765/1‑150 (MQ=255) ccGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTc > 1:2458859/1‑150 (MQ=255) | ATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT‑CCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCG > CP009273/3385513‑3385811 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |