Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 3,392,935 | C→T | 19.7% | V135I (GTT→ATT) | mreC ← | cell wall structural complex MreBCD transmembrane component MreC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,392,935 | 0 | C | T | 19.7% | 688.8 / 138.0 | 275 | V135I (GTT→ATT) | mreC | cell wall structural complex MreBCD transmembrane component MreC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (106/113); new base T (27/27); total (134/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
CTGGATTGGCAGCGCGTGGGTCGCATCACAAATCAGCAGCACGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAACTTGATCGCTATAAGGATCGTTAACCGTGGAGATAACCTGAGTCACCATTTTCTGCTCATCCTGACGCAGCGGGGAACCCAGCAGCTCGCGCAGACGCGCGTTCTCCTGTTTGTATTGTCCAAGCATCAGCAGTTCACTGTTTTTCAGCA > CP009273/3392786‑3393084 | gATTGGCAGCGCGTGGGTCGCATCACAAATCAGCAGCACGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAATTTg < 2:4401695/150‑1 (MQ=255) gATTGGCAGCGCGTGGGTCGCATCACAAATCAGCAGCACGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAATTTg < 2:3699168/150‑1 (MQ=255) ttGGCAGCGCGTGGGTCGCATCACAAATCAGCAGCACGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAATTTGAt > 1:939886/1‑150 (MQ=255) ttGGCAGCGCGTGGGTCGCATCACAAATCAGCAGCACGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAACTTGAt > 2:1757442/1‑150 (MQ=255) ggCAGCGCGTGGGTCGCATCACAAATCAGCAGCACGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAATTTGATCg > 2:4532341/1‑150 (MQ=255) ggCAGCGCGTGGGTCGCATCACAAATCAGCAGCACGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAATTTGATCg < 1:1587711/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGCGTGGGTCGCATCACAAATCAGCAGCACGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAACTTGATCg < 1:599689/150‑1 (MQ=255) cAGCGCGTGGGTCGCATCACAAATCAGCAGCACGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAACTTGATCGCt < 2:715625/150‑1 (MQ=255) aGCGCGTGGGTCGCATCACAAATCAGCAGCACGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAACTTGATCGCta > 2:1452153/1‑150 (MQ=255) cgTGGGTCGCATCACAAATCAGCAGCACGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAACTTGATCGCTATAAg < 1:2461503/150‑1 (MQ=255) gTGGGTCGCATCACAAATCAGCAGCACGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAACTTGATCGCTATAAgg < 2:2798608/150‑1 (MQ=255) tCGCATCACAAATCAGCAGCACGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAATTTGATCGCTATAAGGATCGt > 1:3173994/1‑150 (MQ=255) tCGCATCACAAATCAGCAGCACGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAACTTGATCGCTATAAGGATCGt < 1:620193/150‑1 (MQ=255) 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agcaCGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACACCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAACTTGATCGCTATAAGGATCGTTAACCGTGGAGATAAcc < 1:291488/150‑1 (MQ=255) caCGCGACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACACCACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAACTTGATCGCTATAAGGATCGTTAACCGTGGAGATAACCTg < 2:643377/150‑1 (MQ=255) gcgACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAACTTGATCGCTATAAGGATCGTTAACCGTGGAGATAACCTGAGt < 2:3751102/150‑1 (MQ=255) gcgACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAACTTGATCGCTATAAGGATCGTTAACCGTGGAGATAACCTGAGt > 2:3635926/1‑150 (MQ=255) cgACTGGTCAGTTTAGCGACGGCCACCACCTGACCAACAACACCTTTGTCGCTGATGACCGGCTGGCCTTCATAAACGCCATTAACGCTACCTTTATCGATAACAACTTGATCGCTATAAGGATCGTTAACCGTGGAGATAACCTGAGTc > 2:4288869/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |