| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,397,316 | C→A | 14.9% | G158G (GGC→GGA) | acuI → | putative acryloyl‑CoA reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,397,316 | 0 | C | A | 14.9% | 974.9 / 99.0 | 292 | G158G (GGC→GGA) | acuI | putative acryloyl‑CoA reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (104/144); new base A (16/28); total (120/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
CTGGTTGCCATGCCGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCGTCGGCAGTACCGCCGTGGCGCTGCTGCATAAGTTGGGTTATCAGGTCGTTGCCGTTTCCGGTCGCGAAAGTACCCATGAATATCTGAAAAGTTTAGGTGCTAGCCGTGTTCTCCCTCGTGATGAGTTTGCCGAATCCCGTCCTCTGG > CP009273/3397167‑3397464 | ctggTTGCCATGCCGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGc < 1:1959352/150‑1 (MQ=255) tggTTGCCATGCCGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCg < 1:499501/150‑1 (MQ=255) tggTTGCCATGCCGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCg > 1:3002221/1‑150 (MQ=255) gTTGCCATGCCGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGAGTc < 2:944564/150‑1 (MQ=255) gTTGCCATGCCGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGAGTc > 1:739578/1‑150 (MQ=255) ttGCCATGCCGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCGTCg < 2:699227/150‑1 (MQ=255) gCCATGCCGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCGTCGGc > 2:4536134/1‑150 (MQ=255) ccATGCCGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCGTCGGCa > 2:906952/1‑150 (MQ=255) ccATGCCGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCGTCGGCa > 2:2716615/1‑150 (MQ=255) tGCCGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCGTCGGCAGTa < 1:3532391/150‑1 (MQ=255) tGCCGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCGTCGGCAGTa < 2:1387682/150‑1 (MQ=255) gCCGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCGTCGGCAGTAc > 1:4248515/1‑150 (MQ=255) ccGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCGTCGGCAGTAcc < 2:372188/150‑1 (MQ=255) ccGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCGTCGGCAGTAcc < 1:1501765/150‑1 (MQ=255) cAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCGTCGGCAGTAccgcc > 2:832549/1‑150 (MQ=255) cAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCGTCGGCAGTAccgcc < 2:1205669/150‑1 (MQ=255) taGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCGTCGGCAGTAccgccg > 2:3893048/2‑150 (MQ=255) aGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCGTCGGCAGTACCGCCGt < 1:875359/150‑1 (MQ=255) 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ggCGTCGGCAGTACCGCCGTGGCGCTGCTGCATAAGTTGGGTTATCAGGTCGTTGCCGTTTCCGGTCGCGAAAGTACCCATGAATATCTGAAAAGGTTAGGTGCTAGCCGTGTTCTCCCTCGTGATGAGTTTGCCGAATCCCGTCCTCTg > 2:3196501/1‑150 (MQ=255) gCGTCGGCAGTACCGCCGTGGCGCTGCTGCATAAGTTGGGTTATCAGGTCGTTGCCGTTTCCGGTCGCGAAAGTACCCATGAATATCTGAAAAGTTTAGGTGCTAGCCGTGTTCTCCCTCGTGATGAGTTTGCCGAATCCCGTCCTCTgg < 2:3789485/150‑1 (MQ=255) | CTGGTTGCCATGCCGCAAGGGCTGGACGCGCGTAAAGCAATGATTATCGGTACTGCCGGTTTTACCGCCATGCTGTGTGTGATGGCGCTGGAAGATGCCGGTGTTCGCCCGCAGGACGGGGAGATTGTCGTGACGGGTGCCAGTGGTGGCGTCGGCAGTACCGCCGTGGCGCTGCTGCATAAGTTGGGTTATCAGGTCGTTGCCGTTTCCGGTCGCGAAAGTACCCATGAATATCTGAAAAGTTTAGGTGCTAGCCGTGTTCTCCCTCGTGATGAGTTTGCCGAATCCCGTCCTCTGG > CP009273/3397167‑3397464 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |