| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 299,623 | C→A | 13.5% | G91* (GGA→TGA) | ykgJ ← | UPF0153 cysteine cluster protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 299,623 | 0 | C | A | 13.5% | 1086.2 / 92.5 | 316 | G91* (GGA→TGA) | ykgJ | UPF0153 cysteine cluster protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (140/133); new base A (30/13); total (170/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
CAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCTCATTGACGACTCCGTTCTCACCAGACATGGCGAATTCTCTGCATGTGGACGATCGATTTTTATATATCGTGCAGCAGGCATTTTTGCCCGGGGTTCCTGCAAGGGCAATACATCGGGGGTTTTTCTGATTGGTACCGCTCATGCATCGGTGAAAAGGGGATA > CP009273/299474‑299772 | cAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCGCATTGACGACTcc > 1:4545314/1‑150 (MQ=255) aaaTAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCTCATTGACGACTCCg > 2:3381947/1‑150 (MQ=255) aaaTAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCTCATTGACGACTCCg > 2:3956495/1‑150 (MQ=255) aaaTAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCTCATTGACGACTCCg > 1:484633/1‑150 (MQ=255) aaaTAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCTCATTGACGACTCCg > 2:2740538/1‑150 (MQ=255) aaaTAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTCACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCTCATTGACGACTCCg < 1:2177743/150‑1 (MQ=255) aTAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCTCATTGACGACTCCGtt > 1:3051734/1‑150 (MQ=255) tAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCTCATTGACGACTCCGTtc < 1:2436424/150‑1 (MQ=255) agaagaAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCTCATTGACGACTCCGTtct > 1:1030088/1‑150 (MQ=255) gaagaaGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCTCATTGACGACTCCGTtctc < 1:4356924/150‑1 (MQ=255) aagaagTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCTCATTGACGACTCCGTTCTCa < 2:728179/150‑1 (MQ=255) agaagTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCTCATTGACGACTCAGTTCTCAc < 2:4051729/150‑1 (MQ=255) gaagTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCTCATTGACGACTCCGTTCTCAcc < 1:1809759/150‑1 (MQ=255) 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acTCCGTTCTCACCAGACATGGCGAATTCTCTGCATGTGGACGATCGATTTTTATATATCGTGCAGCAGGCATTTTTGCCCGGGGTTCCTGCAAGGGCAATACATCGGGGGTTTTTCTGATTGGTACCGCTCATGCATCGGTGAAAAggg < 2:1543294/150‑1 (MQ=255) cGTTCTCACCAGACATGGCGAATTCTCTGCATGTGGACGATCGATTTTTATATATCGTGCAGCAGGCATTTTTGCCCGGGGTTCCTGCAAGGGCAATACATCGGGGGTTTTTCTGATTGGTACCGCTCATGCATCGGTGAAAAGGGGata < 2:2811463/150‑1 (MQ=255) | CAAATAGAAGAAGTATCGGGTTTTGTTACCCCTGAAAAACGAAGCCCCGCTATTATCGCTGGCGGGGCAGTGCAATTAATTATTGTATGTTTATAACGGTGTCAGCCCGTATTTAGCCCTTGCACGATTGCAAGCCTCATTGACGACTCCGTTCTCACCAGACATGGCGAATTCTCTGCATGTGGACGATCGATTTTTATATATCGTGCAGCAGGCATTTTTGCCCGGGGTTCCTGCAAGGGCAATACATCGGGGGTTTTTCTGATTGGTACCGCTCATGCATCGGTGAAAAGGGGATA > CP009273/299474‑299772 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |