| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,564,984 | C→A | 33.8% | E627* (GAA→TAA) | glgB ← | 1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,564,984 | 0 | C | A | 33.8% | 374.0 / 191.0 | 215 | E627* (GAA→TAA) | glgB | 1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (75/67); new base A (44/29); total (119/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
ACGCCATTTGCCCGGCTGGTTTATGCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTCAAAGCCGTACGGGTCAAAATCCAGTTCATGCATTGCTTTATGGTGGCGGTAGGTGAGGTTCAGATCGCGCACCAGACGCTGGACACCGTGGTGCCAGTTATCGCCGCCTTCCAACAGATGCCAGTCGAGGCTGGCGTCATGGTTCCACT > CP009273/3564835‑3565133 | aCGCCATTTGCCCGGCTGGTTTATGCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTc > 1:1975021/1‑150 (MQ=255) gCCATTTGCCCGGCTGGTTTATGCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTCaa > 1:2582280/1‑150 (MQ=255) ccATTTGCCCGGCTGGTTTATGCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTCaaa < 2:1780500/150‑1 (MQ=255) cATTTGCCCGGCTGGTTTATGCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTCAAAg < 2:444580/150‑1 (MQ=255) cATTTGCCCGGCTGGTTTATGCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTCAAAg > 2:2066659/1‑150 (MQ=255) ttGCCCGGCTGGTTTATGCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTAAAAGccc > 2:3622821/1‑149 (MQ=255) tGCCCGGCTGGTTTATGCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTAAAAGCCGt > 2:889000/1‑150 (MQ=255) gCCCGGCTGGTTTATGCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTAAAAGCCGTa > 2:899535/1‑150 (MQ=255) tGGTTTATGCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTCAAAGCCGTACGGGTCa < 1:2802813/150‑1 (MQ=255) ggTTTATGCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTCAAAGCCGTACGGGTCaa > 1:4152044/1‑150 (MQ=255) ggTTTATGCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTAAAAGCCGTACGGGTCaa < 2:938749/150‑1 (MQ=255) tttATGCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTCAAAGCCGTACGGGTCaaaa < 2:3240038/150‑1 (MQ=255) tATGCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTCAAAGCCGTACGGGTCAAAATc < 1:1084615/150‑1 (MQ=255) aTGCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTAAAAGCCGTACGGGTCAAAATcc > 1:650821/1‑150 (MQ=255) gCCGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTCAAAGCCGTACGGGTCAAAATCCAg < 2:1306153/150‑1 (MQ=255) cGAAGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTCAAAGCCGTACGGGTCAAAATCCAGtt < 2:3054442/150‑1 (MQ=255) aaGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTAAAAGCCGTACGGGTCAAAATCCAGTTCa > 1:4273656/1‑150 (MQ=255) aGCGATAATCATGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTCAAAGCCGTACGGGTCAAAATCCAGTTCAt > 2:1460375/1‑150 (MQ=255) 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tGACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTAAAAGCCGTACGGGTCAAAATCCAGTTCATGCATTGCTTTa < 1:837674/150‑1 (MQ=255) gACGCGGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTCAAAGCCGTACGGGTCAAAATCCAGTTCATGCATTGCTTTAt < 1:1225097/150‑1 (MQ=255) cgcgGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTCAAAGCCGTACGGGTCAAAATCCAGTTCATGCATTGCGTTAtgg > 2:4319190/1‑150 (MQ=255) gcgGTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTAAAAGCCGTACGGGTCAAAATCCAGTTCATGCATTGCTTTAtggt < 2:2451308/150‑1 (MQ=255) gTACCGGCGTAAAGTTACTGGCAACGATGATTTCGTTACCCTCTTTATCGCGACGCACAAAGATCAGCACCGAGCGTTCTTTGTCATCCACCACCAGCCATTAAAAGCCGTACGGGTCAAAATCCAGTTCATGCATTGCTTTATGGTGGc < 2:3008827/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |