Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 317,205 | G→A | 91.8% | intergenic (+413/‑114) | rclR → / → ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 317,205 | 0 | G | A | 91.8% | 1018.4 / 65.7 | 329 | intergenic (+413/‑114) | rclR/ykgE | reactive chlorine species (RCS)‑specific activator of the rcl genes/cysteine‑rich LutA family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/16); new base A (144/157); total (155/174) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.34e-01 |
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
AAGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTG > CP009273/317060‑317352 | aaGGGATGTAGCCATTTTTAAATGGATTTATTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTACCCATAAAATGTGAGCGATGCAGAAATAAATAAAAATAGTTATTGCATTTGTGGTTTGGATGAAATATTATCATATGTCATACAAGTGAAGggt > 1:3638205/1‑150 (MQ=255) aTGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAAGGGTGGTAt < 1:2300303/150‑1 (MQ=255) tGTAGCCATTTTTAAATGGATTTCTTATGCCAAAAATGATCGTCGATTTCCCCATAAAATGTGAGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAAGGGTGGTATg < 1:4393885/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |