Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,609,958 | C→A | 12.9% | I139I (ATC→ATA) | nikC → | nickel transporter subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,609,958 | 0 | C | A | 12.9% | 919.0 / 70.4 | 267 | I139I (ATC→ATA) | nikC | nickel transporter subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (129/103); new base A (14/21); total (143/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
CTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGTATGCACGCATGGTGCGCAGCCTGGTGATTTCACTACGCCAACGCGAGTTTGTGCTGGCGTCACGGCTTTCCGGTGCGGGCCATGTGCGGGTGTTTGTCGATCATCTGGCAGGCGCGGTGAT > CP009273/3609809‑3610107 | cTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTatc < 1:3595761/150‑1 (MQ=255) cTGGTTATTGGCGGCAGCGCAGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTatc < 2:222063/150‑1 (MQ=255) cggcAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCt < 1:1019385/150‑1 (MQ=255) cggcAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATAGCCATCGCCCt < 1:2527920/150‑1 (MQ=255) ggcAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTg > 2:2430379/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTc < 1:3788947/150‑1 (MQ=255) aGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCg > 1:2435009/1‑150 (MQ=255) cgcCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCa > 2:504317/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |