| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,616,947 | A→T | 8.0% | E63D (GAA→GAT) | yhhH → | putative immunity protein for putative polymorphic toxin RhsB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,616,947 | 0 | A | T | 8.0% | 785.3 / 47.5 | 250 | E63D (GAA→GAT) | yhhH | putative immunity protein for putative polymorphic toxin RhsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (115/114); new base T (6/14); total (122/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TTTAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGAATTAGCTGAGATATATGTTAAGAATCGTTATGGACAGGATGCCGCAGAAGAAGAAAAACCATACGAAATCACTGAGTTAACAACAAGTTGGGTTGTTGAAGGTACCATTCACTCAGACCAAATTGCTGGTGGGGTTTTTATTATAGAAAT > CP009273/3616798‑3617096 | tttAGGAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGAGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAAGGTAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGaa < 2:689057/150‑1 (MQ=255) ggAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGCGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGCAAGTATGAAAGTGAACGCAAATATACCGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGAATTAg < 1:1444739/150‑1 (MQ=255) ggAACTGTGTCATTGTATCTTTGTTTGTTTTTACATACAACACATGGGAGCAGTGTAATAATAATATTAAAATAATGCGAAAGTATGAAAGTGAAGTTAAATATACAGTTAGAAATTTGGTTAAAAATAAAGCTATAGCATTGGAATTAg > 2:3970825/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |