Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,629,439 | C→A | 15.9% | intergenic (+186/+129) | yhiM → / ← yhiN | acid resistance protein, inner membrane/putative oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,629,439 | 0 | C | A | 15.9% | 902.2 / 101.8 | 286 | intergenic (+186/+129) | yhiM/yhiN | acid resistance protein, inner membrane/putative oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (115/125); new base A (25/21); total (140/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
GCGTAACGCTGGTTTTTCTTAGGCATCATGAAATAACGCAGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAA > CP009273/3629290‑3629587 | gCGTAACGCTGGTTTTTCTTAGGCATCATGAAATAACGCAGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTtcc > 1:2953519/1‑150 (MQ=255) cGTAACGCTGGTTTTTCTTAGGCATCATGAAATAACGCAGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTtcca < 2:3733376/150‑1 (MQ=255) gTAACGCTGGTTTTTCTTAGGCATCATGAAATAACGCAGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTtccat < 2:1936407/150‑1 (MQ=255) aaCGCTGGTTTTTCTTAGGCATCATGAAATAACGCAGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAATATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTtcaatcc > 2:729997/1‑150 (MQ=255) aaCGCTGGTTTTTCTTAGGCATCATGAAATAACGCAGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTtccatcc < 2:618180/150‑1 (MQ=255) cGCTGGTTTTTCTTAGGCATCATGAAATAACGCAGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCAc > 2:1416868/1‑150 (MQ=255) gCTGGTTTTTCTTAGGCATCATGAAATAACGCAGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTAACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCAcc > 2:964028/1‑150 (MQ=255) gTTTTTCTTAGGCATCATGAAATAACGCAGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTtat > 1:857624/1‑150 (MQ=255) ttCTTAGGCATCATGAAATAACGCAGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTa > 2:2826410/1‑150 (MQ=255) atgaatcatGAAATAACGCAGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAAACTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCAt < 2:2976750/146‑1 (MQ=255) atgaatcatGAAATAACGAATCATTTATGAATAGTGGTTATTTATAAAAAACAGCATAGTTAATTTTTTTTTCAACATGTTCATATTTAATAAAGTTCTGGACACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCAt < 1:2443124/146‑1 (MQ=255) aGGCATCATGAAATAACGCAGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCAt > 1:3041237/1‑150 (MQ=255) ggCATCATGAAATAACGCAGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATg > 1:3313310/1‑150 (MQ=255) 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aaGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATcac < 1:4615564/150‑1 (MQ=255) gTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACaa < 2:3656517/150‑1 (MQ=255) aaaaaCAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATaa > 2:2318196/1‑150 (MQ=255) aaaaCAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAAc < 1:4028002/150‑1 (MQ=255) aaaaCAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAAc > 1:253573/1‑150 (MQ=255) 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tCAATCACCTTTCAATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGgacg < 2:485529/150‑1 (MQ=255) aaTCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGgacgac > 1:1636328/1‑150 (MQ=255) aaTCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGgacgac < 2:4110032/150‑1 (MQ=255) aaTCACCTTTCAATACAACTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAAACACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGgacgac < 1:2719827/150‑1 (MQ=255) tCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACtt < 1:1097278/150‑1 (MQ=255) cACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACttt < 2:2099047/150‑1 (MQ=255) cACCTTTCAATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACttt < 2:279666/150‑1 (MQ=255) aCCTTTCCATACACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTAAGTTCACGGTATCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTtg < 1:4292751/150‑1 (MQ=255) cTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTtgct > 2:1289649/1‑150 (MQ=255) cTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTtgct < 2:1882569/150‑1 (MQ=255) tttCAATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTtgctg > 2:63804/1‑150 (MQ=255) ccatccaCCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCaa < 2:3091924/150‑1 (MQ=255) | GCGTAACGCTGGTTTTTCTTAGGCATCATGAAATAACGCAGCATTAATGCATAGTGGTTAAGTATAAAAAACAGCAAAGTTACTGTTTTTTTCAACCTGTTCATATTTCATAAAGATCTGGCCACTGAGTGAGTTTTCAATCACCTTTCCATCCACCTTATATTAAGCATGGAGGGTTTCAGTTCACGGGCTCATTAGAAAATAATCACAAGATAACCACTATCAAAATTAGCTCATTTTTAATGCGACTCTAATAATTTTCATCTTTAGGAAATAGGTCAGGACGACTTTGCTGCAA > CP009273/3629290‑3629587 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |