| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,652,706 | G→T | 13.2% | V39F (GTC→TTC) | mdtE → | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,652,706 | 0 | G | T | 13.2% | 880.6 / 72.8 | 254 | V39F (GTC→TTC) | mdtE | anaerobic multidrug efflux transporter, ArcA‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (98/122); new base T (19/15); total (117/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GAACCGTTATTTCTCAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCGTCACACTCTCCCCCGGTTCGGTCAATGTGTTGAGCGAATTGCCCGGTAGAACCGTTCCTTATGAAGTTGCCGAGATACGTCCCCAGGTGGGCGGTATTATCATTAAACGCAACTTTATCGAAGGCGATAAAGTGAACCAGGGCGATTCG > CP009273/3652557‑3652855 | aaCCGTTATTTCTCAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTgtcgt > 1:2563451/1‑150 (MQ=255) aCCGTTATTTCTCAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTgtcgtc > 2:2056691/1‑150 (MQ=255) cGTTATTTCTCAAGAATTTTCAGGGACTAAAATGAACAGAAGAAGAAAGCTGTTAATACCGTTGTTATTCTGCGGCGCGATGCTCACCGCCTGCGATGACAAATCGGCGGAAAACGCCGCCGCCATGACGCCTGAGGTCGGTGTCTTcac > 2:1100812/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |