| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,680,907 | C→A | 18.1% | D543Y (GAC→TAC) | bcsC ← | cellulose synthase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,680,907 | 0 | C | A | 18.1% | 960.8 / 127.6 | 311 | D543Y (GAC→TAC) | bcsC | cellulose synthase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (138/116); new base A (28/29); total (166/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
CTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATGACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTGCGCATTAACGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGC > CP009273/3680760‑3681056 | cttcTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCAt > 2:3774359/1‑150 (MQ=255) ttcTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTAAtt > 2:1819483/1‑149 (MQ=255) tcTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCAtta > 1:319673/1‑148 (MQ=255) tcTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCAtta < 1:127963/150‑3 (MQ=255) cTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTAc > 1:3425044/1‑150 (MQ=255) tGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGGATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTAcc < 2:1183569/150‑1 (MQ=255) gCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCa < 2:1833740/150‑1 (MQ=255) ccTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTAATTACCag > 1:3318647/1‑150 (MQ=255) tttGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCagagag < 1:3001905/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAgg > 2:2271263/1‑150 (MQ=255) gCCTCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCATCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTAATTACCAGAGAGGTa < 1:779725/150‑1 (MQ=255) ctcGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGt < 2:415490/150‑1 (MQ=255) gCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAg < 1:4309738/150‑1 (MQ=255) gCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAg > 2:949507/1‑150 (MQ=255) cAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGc < 1:1531444/150‑1 (MQ=255) cAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGATCCACAGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGc > 1:729047/1‑150 (MQ=255) aGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCg < 1:3638362/150‑1 (MQ=255) ggCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGt < 2:4296293/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |