| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,736,058 | C→A | 13.7% | intergenic (‑166/‑35) | yiaJ ← / → yiaK | transcriptional repressor of yiaK‑S operon/2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,736,058 | 0 | C | A | 13.7% | 918.2 / 81.2 | 278 | intergenic (‑166/‑35) | yiaJ/yiaK | transcriptional repressor of yiaK‑S operon/2,3‑diketo‑L‑gulonate reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (137/103); new base A (21/17); total (158/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
GGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCAAAAAAGCGATCAAAAAAACAAGGAAGCCTGGGATGAAAGTGACATTTGAGCAGTTAAAAGCAGCCTTTAATCGGGTCTTAATTTCACGCGGCGTTGACAGCGAAACGGCTGACGCCTGTGCAGAGATGTTCGCCCGCACCACCGAAT > CP009273/3735909‑3736207 | ggTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGc > 1:2379963/1‑150 (MQ=255) aGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCaa > 1:2438294/1‑150 (MQ=255) gcgcAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACCAATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCAGATTGCCTTGTTAAAAAGTGATCGATATATTTGAAATCAAGTTTCGCATATTGAAATTTTAAGCCaaa < 2:4371604/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |